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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002449

染色体: Chr07 坐标: 23030925-23031953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002449
名称SmilChr07G002449
描述uncharacterized SmilChr07G002449
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23030925 - 23031953 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993979
GeneID130993979
locus_tag-
NCBI NameLOC130993979
原始查询LOC130993979

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=63.6; qcov=0.096; evalue=4.31e-08; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775001.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775001.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775001.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775001.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775001.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23030928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B106,B35
Chr7:23030980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B101,B120,B95
Chr7:23030998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B61
Chr7:23031043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B106,B35,C10
Chr7:23031135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr7:23031158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C46
Chr7:23031167 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C42
Chr7:23031167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:23031193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr7:23031203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr7:23031256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr7:23031309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919018.1
ATGTCTGATATCAACGAAAGAGAAGTCACTGAACTTGCTATTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTTGCCTCATGTGATCTGAGCGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATCTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTATCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTCCTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993979
ATGTCTGATATCAACGAAAGAGAAGTCACTGAACTTGCTATTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTTGCCTCATGTGATCTGAGCGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATCTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTATCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTCCTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775001.1
MSDINEREVTELAIDGGNYLTWALDVEIYLASCDLSDAIVPDSSCSSAQKAKALIFLRHHLNKDLKNEYLTEKDPVVLWQSLKDRFDQQKAIILPQAQYDWLNLRFQDFKSVIEYNSTLHRIVSQLKLCKQEVTEIDLIEKTLSTFHASNLVLQQQYRAKNYTRHSELISALLVAEKHNQLLMRNHNARPVGSQAVPEAHATTYRGGRGRGRGKVNWSQRGGRGWSYRGGRGRGRGYNHVARLQIHGKGFHKTSHPQETS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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