Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002500`

染色体: Chr07 坐标: 23725349-23727741 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002500`
名称	SmilChr07G002500
描述	uncharacterized SmilChr07G002500
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	23725349 - 23727741 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993988`
GeneID	`130993988`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993988`
原始查询	`LOC130993988`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993988

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775010.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057775010.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057775010.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:23725401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:23725403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:23725491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,B89
`Chr7:23725533`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	53	A14,A18,A21,A22,A5,A9,B102,B106,B11,B112,B118,B119,B123,B125,B126,B133,B14,B16,B19,B2,B20,B22,B24,B41,B46,B47,B48,B6,B62,B64,B74,B76,B83,B88,B89,B92,B93,B99,C18,C2,C20,C24,C25,C40,C56,C58,C6,C67,C71,C75,C87,C9,D9
`Chr7:23725549`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,B89
`Chr7:23725554`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B102,B19,B93
`Chr7:23725580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	46	A13,A16,A5,B1,B100,B112,B121,B124,B125,B128,B134,B23,B29,B53,B55,B58,B61,B71,B74,B78,B79,B81,B89,C10,C11,C18,C22,C25,C28,C40,C42,C48,C54,C6,C66,C69,C72,C75,C8,C86,C9,D1,D2,D3,D5,D6
`Chr7:23725587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B62,B92
`Chr7:23725594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr7:23725597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B58,C31,C34,C68
`Chr7:23725612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B19
`Chr7:23725761`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919027.1
ATGATCCAACTTTTAGAAGCAATTGAGGAAACAGAGCCACCAAAAGGGAAAACAGCCGGAAACGTTAGTAGACTTTCTAAAAGATCCACAAGAGCTGCACATTCAATCGTTGACATCACTGATAGGGAACTGTTTAGCAAACGTGGCCTTATCGACATTGAAACAAAGAAGAAGGCCCCCATTATAAAAAAAGAACGTAAGCGCGCTTTGAAAAGGAGAAACGAAATGGTGCAGAGTTCATCCAGGGTCAAGAATACAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057775010.1_37686
ATGATCCAACTTTTAGAAGCAATTGAGGAAACAGAGCCACCAAAAGGGAAAACAGCCGGAAACGTTAGTAGACTTTCTAAAAGATCCACAAGAGCTGCACATTCAATCGTTGACATCACTGATAGGGAACTGTTTAGCAAACGTGGCCTTATCGACATTGAAACAAAGAAGAAGGCCCCCATTATAAAAAAAGAACGTAAGCGCGCTTTGAAAAGGAGAAACGAAATGGTGCAGAGTTCATCCAGGGTCAAGAATACAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775010.1
MIQLLEAIEETEPPKGKTAGNVSRLSKRSTRAAHSIVDITDRELFSKRGLIDIETKKKAPIIKKERKRALKRRNEMVQSSSRVKNTKRKKVAAATTANIPTPNEGPLNEEHGNASQQANVFPPKMGDRLDTTRQFQEVAAATTANVPTPNEGPLNEEHGNASQQANVFQTKKGDRLPTTSQFDELIKISRELLARVVSIDENKKTKTTPHHSEKGSHEAGQTYVVEDPSIDLQFADRDIYGNQTMVDKDAVQPDDFESSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器