Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002607`

染色体: Chr07 坐标: 25051838-25052917 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002607`
名称	SmilChr07G002607
描述	uncharacterized SmilChr07G002607
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	25051838 - 25052917 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994008`
GeneID	`130994008`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994008`
原始查询	`LOC130994008`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994008

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775027.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057775027.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775027.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775027.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775027.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:25051846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,C71
`Chr7:25051884`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B127
`Chr7:25051885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B14,B18,C42,C66
`Chr7:25051899`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B18,C66
`Chr7:25051908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B91,C43
`Chr7:25051962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B53,B60,C83,D10
`Chr7:25051966`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A22,B110,B47,C24,C52,C59,C9
`Chr7:25051968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C57,C86,D9
`Chr7:25051986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,C23,C79,D2
`Chr7:25052349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B35,B6,B67,C1
`Chr7:25052371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B7,C87,D3
`Chr7:25052391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C66,C87,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919044.1
ATGTTCATGTGTGCTGTGTGTCGGCCAGTGTTTGATGATGATGGCAGCTGCTTGTTTGATGGGAAGATTGGAATATTTCCATTCACAGAATTAGTACCAGCCAAAAGGAAGAGCAAAAATAGGGCTGCAGGGACAATGGAGCTCAAGCCCATACAAAGCATCACAAAAGAAGTTGTGAAAAATTGCTTTATAAACAAGATTGTTCCTGCTATTAAAGCAAAATGGCCAGCAAATGCTAGCAAAACCATCTACATACAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994008
ATGTTCATGTGTGCTGTGTGTCGGCCAGTGTTTGATGATGATGGCAGCTGCTTGTTTGATGGGAAGATTGGAATATTTCCATTCACAGAATTAGTACCAGCCAAAAGGAAGAGCAAAAATAGGGCTGCAGGGACAATGGAGCTCAAGCCCATACAAAGCATCACAAAAGAAGTTGTGAAAAATTGCTTTATAAACAAGATTGTTCCTGCTATTAAAGCAAAATGGCCAGCAAATGCTAGCAAAACCATCTACATACAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775027.1
MFMCAVCRPVFDDDGSCLFDGKIGIFPFTELVPAKRKSKNRAAGTMELKPIQSITKEVVKNCFINKIVPAIKAKWPANASKTIYIQQDNARPHIQDSDPDFRAVASADGFDIHLINQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQTESVCNSVRDLVNAVINSFNELSPNTLNKVFLSLQSCMIEILKVKGRNSYKIPHMRKDALIRQDMLPLNLQVPSELVRECISYLIEHGALSITDSLMQQLGVNAGCTNELEVMVHNLQIQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器