Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002635

染色体: Chr07 坐标: 25446163-25446573 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002635
名称SmilChr07G002635
描述probable carboxylesterase 15
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向25446163 - 25446573 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994012
GeneID130994012
locus_tag-
NCBI NameLOC130994012
原始查询LOC130994012

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 15
产物probable carboxylesterase 15
ArabidopsisAT5G06570 (AT5G06570)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830545]
identity=47; qcov=0.971; evalue=1.69e-23; confidence=medium
RiceOs07g0162900 (OsCDAP3)
-
identity=46.7; qcov=0.897; evalue=4.58e-27; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF07859 (Abhydrolase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775030.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775030.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775030.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775030.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775030.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:25446210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B94,C37
Chr7:25446217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B94,C37
Chr7:25446220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B130,B94,C37,D4
Chr7:25446232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C50
Chr7:25446241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:25446242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C87
Chr7:25446248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,C42,C50
Chr7:25446250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B94,C37
Chr7:25446258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:25446262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B12,B16,B55,D10
Chr7:25446264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B94,C37
Chr7:25446270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,A25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775030.1
136 aa
N
1
68
136
Abhydrolase_3
C
PF07859 Abhydrolase_3 46-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775030.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 46 120 3.3e-21 76.8 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919047.1
ATGGCACCGCTGTCTGGAAAGACTGCTTATGACAACCAACGCAACCTCCACCTCCGCCTCTACAAGCCCCGCTCCACCCCCGCCGCCGCCCTCCCCATTCTCTACTTCTGCCACGGGGGTGGTTGCCCCACCACCACACTTGCTGCCTCCGCCTTGCAGGTCATGGTGGTGGCGCCTGACTACCGGCTAGCGCTGGAGCACAGGCTCCCCATCGTCGTAGAGGATGTGCTCAGCTCTCTCAAGTGGTTACAGCAGCAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994012
ATGGCACCGCTGTCTGGAAAGACTGCTTATGACAACCAACGCAACCTCCACCTCCGCCTCTACAAGCCCCGCTCCACCCCCGCCGCCGCCCTCCCCATTCTCTACTTCTGCCACGGGGGTGGTTGCCCCACCACCACACTTGCTGCCTCCGCCTTGCAGGTCATGGTGGTGGCGCCTGACTACCGGCTAGCGCTGGAGCACAGGCTCCCCATCGTCGTAGAGGATGTGCTCAGCTCTCTCAAGTGGTTACAGCAGCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775030.1
MAPLSGKTAYDNQRNLHLRLYKPRSTPAAALPILYFCHGGGCPTTTLAASALQVMVVAPDYRLALEHRLPIVVEDVLSSLKWLQQQALLADGGGDEWLRKGIDFGRVFVVGDSSGGNLAHRGGRTDCGGLYGVSVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器