当前解析结果
SmilChr07G002716| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002716 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002716 |
| 描述 | cyclin-D3-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26618886 - 26619735 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994020 |
|---|---|
| GeneID | 130994020 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994020 |
| 原始查询 | LOC130994020 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cyclin-D3-1-like |
| 产物 | cyclin-D3-1-like |
| Arabidopsis | AT4G34160 (CYCD3;1)CYCLIN D3;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829564] identity=37.3; qcov=0.794; evalue=1.09e-20; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994020 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057775040.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057775040.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775040.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057775040.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775040.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26618895 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A21,B112,B124,B137,B20,C65 |
Chr7:26618984 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A15,B109,B59,B70,B71,B73,B95,C29,C3,C34,C54,C56,C57,C7,C76 |
Chr7:26618995 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,C83 |
Chr7:26619016 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:26619020 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A24,A3,A4,A7,A9,B102,B11,B117,B127,B13,B136,B138,B17,B2,B30,B31,B35,B53,B56,B60,B68,B75,B77,B94,B96,B99,C14,C15,C17,C26,C30,C36,C4,C47,C48,C49,C50,C58,C61,C64,C66,C69,C80,C85 |
Chr7:26619063 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 105 | A13,A18,A19,A20,A24,A25,A4,A5,A8,B100,B102,B103,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B118,B119,B12,B124,B126,B133,B134,B135,B16,B19,B20,B22,B23,B24,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B40,B41,B42,B43,B44,B5,B50,B52,B54,B55,B57,B6,B65,B69,B76,B78,B79,B83,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B97,B98,C11,C12,C16,C21,C25,C27,C3,C31,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C46,C51,C54,C55,C56,C60,C64,C66,C67,C69,C74,C75,C77,C79,C81,C87,D1,D2,D4,D5,D8 |
Chr7:26619083 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,C57,D4 |
Chr7:26619090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B136,B99 |
Chr7:26619098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B99 |
Chr7:26619131 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C69 |
Chr7:26619134 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C69 |
Chr7:26619186 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 32 | A4,A7,A9,B102,B117,B129,B136,B32,B35,B53,B56,B60,B68,B75,B94,B96,B99,C11,C14,C15,C17,C30,C47,C48,C49,C50,C61,C64,C66,C69,C77,C80 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。