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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002736

染色体: Chr07 坐标: 26848535-26849116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002736
名称SmilChr07G002736
描述uncharacterized SmilChr07G002736
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26848535 - 26849116 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994021
GeneID130994021
locus_tag-
NCBI NameLOC130994021
原始查询LOC130994021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775041.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057775041.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775041.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775041.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775041.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26848638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:26848677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,C57,D4
Chr7:26848713 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 89 A1,A18,A19,A20,A21,A3,B102,B104,B106,B112,B117,B118,B124,B129,B13,B131,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B17,B19,B22,B24,B26,B29,B30,B31,B32,B33,B40,B41,B43,B57,B6,B62,B64,B65,B67,B68,B73,B75,B76,B78,B80,B81,B83,B89,B9,B90,B97,B98,C11,C14,C15,C17,C19,C20,C24,C30,C31,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C43,C49,C50,C51,C53,C58,C60,C64,C67,C68,C72,C74,C77,C80,C81,C85,D1,D2,D3,D8
Chr7:26848739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B126,B73,C15
Chr7:26848748 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 6 A20,B119,B12,B20,C31,D5
Chr7:26848785 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 25 A2,A3,A7,B1,B109,B110,B118,B123,B124,B126,B132,B14,B25,B39,B68,B73,C11,C15,C24,C55,C60,C62,C73,D11,D6
Chr7:26848793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr7:26848804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B85,C38
Chr7:26848806 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A20,A3,A7,B109,B123,B59,B71,C61,C62,C87,D2
Chr7:26848810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:26848814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B65,B78,C14
Chr7:26848830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B117,B89,C56,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919058.1
ATGCATGGACAGAGCTTGGAGACTGGACTCTCCCCGGCTGCACAGAACTATAGCACCTTCCTCCGCCTCCACATGCGCGAGGATGAAACTTTTCTGTCACCGAGGGATGAGAGACTAGATGCGGAGATTCGTCGCATTGCTGTTGAGACTGGGCGAGAGGACCGGCTGCCTGAGATCTACTTGGAGGTCGTACGGCCCGACAGGTCCCGGCTCTACGGCACTGGAAGTGCCGGTAGGAACCAGGTTAGTAGGGGGTCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994021
ATGCATGGACAGAGCTTGGAGACTGGACTCTCCCCGGCTGCACAGAACTATAGCACCTTCCTCCGCCTCCACATGCGCGAGGATGAAACTTTTCTGTCACCGAGGGATGAGAGACTAGATGCGGAGATTCGTCGCATTGCTGTTGAGACTGGGCGAGAGGACCGGCTGCCTGAGATCTACTTGGAGGTCGTACGGCCCGACAGGTCCCGGCTCTACGGCACTGGAAGTGCCGGTAGGAACCAGGTTAGTAGGGGGTCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775041.1
MHGQSLETGLSPAAQNYSTFLRLHMREDETFLSPRDERLDAEIRRIAVETGREDRLPEIYLEVVRPDRSRLYGTGSAGRNQVSRGSTQSTDTSMMSQKLYETRISTLEERLQAEQAAREAEQEASRAACEALEQRMAQFEEFLRRSGQLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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