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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003522

染色体: Chr01 坐标: 53856524-53861726 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003522
名称SmilChr01G003522
描述monooxygenase 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53856524 - 53861726 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994027
GeneID130994027
locus_tag-
NCBI NameLOC130994027
原始查询LOC130994027

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述monooxygenase 2-like
产物monooxygenase 2-like
ArabidopsisAT5G05320 (AT5G05320)
FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830414]
identity=47; qcov=0.988; evalue=1.27e-132; confidence=high
RiceOs03g0154100
-
identity=50.4; qcov=0.98; evalue=1.2e-140; confidence=high
GOGO:0071949 (FAD binding)
KEGG-
PfamPF00890 (FAD_binding_2); PF01266 (DAO); PF01494 (FAD_binding_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994027

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057775049.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057775049.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775049.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775049.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775049.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53857851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:53858629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:53858634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:53858635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:53859067 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 94 A10,A19,A2,A21,A25,A5,A8,A9,B10,B101,B102,B11,B112,B114,B117,B119,B121,B126,B136,B137,B138,B14,B19,B2,B20,B23,B31,B34,B35,B36,B37,B40,B42,B43,B44,B48,B5,B52,B53,B54,B58,B59,B6,B65,B66,B67,B69,B70,B71,B73,B75,B79,B81,B82,B90,B91,B92,B93,B95,C10,C12,C13,C18,C24,C26,C27,C3,C33,C37,C4,C40,C41,C44,C46,C49,C5,C50,C51,C52,C55,C60,C61,C62,C73,C75,C76,C8,C81,C84,C9,D11,D4,D5,D8
Chr1:53859071 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 94 A10,A19,A2,A21,A25,A5,A8,A9,B10,B101,B102,B11,B112,B114,B117,B119,B121,B126,B136,B137,B138,B14,B19,B2,B20,B23,B31,B34,B35,B36,B37,B40,B42,B43,B44,B48,B5,B52,B53,B54,B58,B59,B6,B65,B66,B67,B69,B70,B71,B73,B75,B79,B81,B82,B90,B91,B92,B93,B95,C10,C12,C13,C18,C24,C26,C27,C3,C33,C37,C4,C40,C41,C44,C46,C49,C5,C50,C51,C52,C55,C60,C61,C62,C73,C75,C76,C8,C81,C84,C9,D11,D4,D5,D8
Chr1:53859080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B77,C21
Chr1:53859893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B128,B15
Chr1:53859971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B51,D2
Chr1:53860375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B57,B78,C23
Chr1:53861379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C37,D2
Chr1:53861403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775049.1
440 aa
N
1
220
440
FAD_binding_3
FAD_binding_2
DAO
C
PF01494 FAD_binding_3 39-386 aa PF00890 FAD_binding_2 40-77 aa PF01266 DAO 40-132 aa
XP_057775055.1
409 aa
N
1
204
409
FAD_binding_3
FAD_binding_2
DAO
C
PF01494 FAD_binding_3 8-355 aa PF00890 FAD_binding_2 9-46 aa PF01266 DAO 9-101 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775049.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 39 386 4.6e-23 82.7 FAD binding domain
XP_057775049.1 Pfam PF00890 FAD_binding_2 Domain 40 77 8.1e-05 22.7 FAD binding domain
XP_057775049.1 Pfam PF01266 DAO Domain 40 132 1.4e-07 32.1 FAD dependent oxidoreductase
XP_057775055.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 8 355 3.6e-23 83.1 FAD binding domain
XP_057775055.1 Pfam PF00890 FAD_binding_2 Domain 9 46 7.3e-05 22.9 FAD binding domain
XP_057775055.1 Pfam PF01266 DAO Domain 9 101 1.3e-07 32.3 FAD dependent oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919066.1
AAAAAAAGGGTCCCTAATTCGTTTATTCAGTGCCATGGACTATCAAAACTATAAGCTTCTTCCCTCTCTGCCATGGCAACAGCGCTTGCTCAAAACCCCTCGATCGACAAGCTTTGAGTCCTTTGATTTTGCAGGCAAGTCCCTTTCATTTCCGAACCCAAATTCTATCTATATCAATCAACATGATTGCAATTGCACGCAATAACCTCTCCTATTTACGTTTGAACCCTAATTCATTTCTCAGCAACTCAAATCTTCGT...
XM_057919072.1
GCTACATTCAGAGATGATCTTTTCTTTGACAAATTTATTAGGCCTTATTACGATGAGATTGGCGAAGAACGCATCACTCGGAGGTACATGTCGAGGGCCAAAGGAGGTGAAGCTTTTAGCAGATGCTTGAGGAACTGTTCTCTTCTTCATCACGCTTCGATTCTCGGCAACGAAGAGCCAAATGGAACCCGCGATCCACGAGCAAGATATTTTGATAGTCGGAGGCGGCATAGCTGGCCTCACCACAGCTCTCGGACTCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994027
ATGCTTGAGGAACTGAACACACATTCATCCAAAACTTCCACTTCTCTAGTTCTCTTCTTCATCACGCTTCGATTCTCGGCAACGAAGAGCCAAATGGAACCCGCGATCCACGAGCAAGATATTTTGATAGTCGGAGGCGGCATAGCTGGCCTCACCACAGCTCTCGGACTCCACAGGTTGGGGATTCGGAGCCTGGTTTTGGAGGCGTCGGATGGATTGAGAACCACAGGGTTCGCCCTAACTTTATGGACGAACGCGTG...
LOC130994027
ATGGAACCCGCGATCCACGAGCAAGATATTTTGATAGTCGGAGGCGGCATAGCTGGCCTCACCACAGCTCTCGGACTCCACAGGTTGGGGATTCGGAGCCTGGTTTTGGAGGCGTCGGATGGATTGAGAACCACAGGGTTCGCCCTAACTTTATGGACGAACGCGTGGATAGCTCTAGATGCAGTCGGAATCGGCGACGCCATGAGAGCCAATTCTCTCCCAATTCAAGGTTTTGAAGTCGGTAGCTTGGATTCCACCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775049.1
MLEELNTHSSKTSTSLVLFFITLRFSATKSQMEPAIHEQDILIVGGGIAGLTTALGLHRLGIRSLVLEASDGLRTTGFALTLWTNAWIALDAVGIGDAMRANSLPIQGFEVGSLDSTSSSPEQGVETDFKLGKFEKRCVRRTDLLELLERELPQGSVRYSSKIVCIEESGNFKLVHLSDGSIFRTKVLLGCDGVNSMVAQWLGLKSPVSAARAAIRGYVVYPDGHNLEPKMYAYFGGGVRVGFVPCDDNDIYWFCTFTPS...
XP_057775055.1
MEPAIHEQDILIVGGGIAGLTTALGLHRLGIRSLVLEASDGLRTTGFALTLWTNAWIALDAVGIGDAMRANSLPIQGFEVGSLDSTSSSPEQGVETDFKLGKFEKRCVRRTDLLELLERELPQGSVRYSSKIVCIEESGNFKLVHLSDGSIFRTKVLLGCDGVNSMVAQWLGLKSPVSAARAAIRGYVVYPDGHNLEPKMYAYFGGGVRVGFVPCDDNDIYWFCTFTPSLFNYDESERDPSKMKQFVISKIGRARKHVMD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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