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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002813

染色体: Chr07 坐标: 28170949-28172671 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002813
名称SmilChr07G002813
描述probable carboxylesterase 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28170949 - 28172671 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994030
GeneID130994030
locus_tag-
NCBI NameLOC130994030
原始查询LOC130994030

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 7
产物probable carboxylesterase 7
ArabidopsisAT3G48690 (CXE12)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824030]
identity=56.1; qcov=0.764; evalue=2.76e-32; confidence=medium
RiceOs06g0214300
-
identity=50; qcov=0.714; evalue=9.76e-31; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057775051.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775051.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775051.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775051.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775051.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28171300 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 18 A23,A3,B101,B104,B124,B129,B24,B4,B54,B56,B64,B73,B84,B98,C30,C45,D2,D6
Chr7:28171328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A23,B51,B52,D11
Chr7:28171370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B135,B36,B69,C10
Chr7:28171399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B86,B89
Chr7:28171400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:28171405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C5,D1
Chr7:28171446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr7:28171468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:28171471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr7:28171531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,B72,B84,C24,C71
Chr7:28171586 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 15 A19,A20,A4,B1,B27,B47,B8,B81,B87,B98,C23,C55,C6,C77,D10
Chr7:28171588 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 20 B12,B137,B139,B18,B52,B57,B73,B74,B86,B99,C28,C35,C38,C41,C68,C72,C82,D11,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919068.1
ACCGCCTCCGTCTCAGATCTGGATATCGACGCTAGAGTTTTGGGGATCTAGAGTTTTGGGGAAAAAGGGAACTAACCACCTCAGACCACCGCCTCCGTCTCAGATCTGGATTGGGGATCTAGGGGCGGAGACATGGACGGTGGCTGTGTCGTCGCCGGATTTCAGAGGGAGGCGATGGCCTGAGGTGGTGCGCTAGATATGCTTTGCCAACAAGTTCACATGAATTAGTGTCAAGGAGAAAAATAAAGCTGCTAAATTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994030
ATGGCCAACGAGATACTCCACGACTTCTTCCCTTTGCTTAGAGTCTACAAAAATGGCCGAATCGAGAGGCTAATGGGCCAAGAAACCGTTCCCCCATCTCTCGATCCAGCCACGGGGGTTCAATCCAAAGACGTCGACATCGCGCCGGAGATCAACCTCTCCGCCCGCATTTACCTGCCGCCCAACGCCGACCGGAGCAAAAAGCTCCCCCTTCTCGTCTACTACCACGGCGGCGCCTTCATCATCGAATCCGCTTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775051.1
MANEILHDFFPLLRVYKNGRIERLMGQETVPPSLDPATGVQSKDVDIAPEINLSARIYLPPNADRSKKLPLLVYYHGGAFIIESAFSSQYQKHLNHLVAQANDAAGAFGESGRERGVGGRGMGQREREGDHLDMNPSIRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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