Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002827

染色体: Chr07 坐标: 28333090-28335335 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002827
名称SmilChr07G002827
描述transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28333090 - 28335335 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994032
GeneID130994032
locus_tag-
NCBI NameLOC130994032
原始查询LOC130994032

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like
产物transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like
ArabidopsisAT1G26690 (AT1G26690)
emp24/gp25L/p24 family/GOLD family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839210]
identity=46.4; qcov=1.16; evalue=1.36e-55; confidence=high
RiceOs07g0632700 (P0519E12.121)
-
identity=48; qcov=1.09; evalue=2.71e-53; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005793 (endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0007030 (Golgi organization); GO:0030134 (COPII-coated ER to Golgi transport vesicle)
KEGG-
PfamPF01105 (EMP24_GP25L)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057775053.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057775053.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775053.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775053.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28333564 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B88
Chr7:28333564 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B88
Chr7:28333571 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 102 A15,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A7,A9,B1,B100,B103,B104,B105,B107,B109,B114,B115,B117,B118,B123,B126,B128,B13,B130,B133,B140,B15,B16,B18,B19,B20,B23,B27,B28,B33,B35,B38,B39,B4,B46,B5,B50,B56,B57,B60,B62,B63,B66,B67,B69,B70,B74,B76,B77,B83,B84,B85,B90,B92,B95,B96,B98,C10,C13,C15,C18,C21,C22,C28,C29,C3,C37,C4,C40,C41,C46,C48,C49,C53,C54,C55,C56,C58,C60,C63,C64,C67,C68,C7,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C84,C87,D10,D11,D4
Chr7:28333609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:28335141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775053.1
179 aa
N
1
90
179
EMP24_GP25L
C
PF01105 EMP24_GP25L 108-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775053.1 Pfam PF01105 EMP24_GP25L Domain 108 174 3.9e-28 99.5 emp24/gp25L/p24 family/GOLD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919070.1
AAAAATTGAAAGACCAACCCAAGAAAACATAGAAAGAAGTTAATTCAGCCTTTTGACTCTTTGCAATTTCTGATCTTGTTCTGTCATCTTAAGACAATCGGCGAATTTTGGGAGAAAACTCAACTACTTAATCTGAATTCAGACAGCGAAAACCTAGCCCTAAATTTAGGGGGGAAAGCCCTTCCTTTTCTCGAAATCATCGATTATTCATTTCGTCATCGTTGATATGAAAATCCAAATCCAAAGAAAGGGTTTTTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994032
ATGAAAATCCAAATCCAAAGAAAGGGTTTTTTGCTCCTTTTGATTTCAGTTTTCTTGTTATGGAGTCGGGCAGAATCGATTCGGTTCGATCTGGAATCTGGCCACACCAAATGCATATCGGAGGATATCAAGAGCAATTCTATGACTGTTGGAAAATACCAAATTGTAAATCCCAACGACGGACACCCTTTGCCTGACTCTCACAAAATCACTGTTCGGGTAATTTTCTCTGTTTATGAAGATTTTTTATTTTTTATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775053.1
MKIQIQRKGFLLLLISVFLLWSRAESIRFDLESGHTKCISEDIKSNSMTVGKYQIVNPNDGHPLPDSHKITVRVIFSVYEDFLFFIFLWNFILFVLFRFLFSPWDQLMEIELKKMFDTVQSIHDEMYYLREREEEMQLLNKATNSKMFWFSFLSILVCLSVAGLQLWHLKSFFEKKKLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器