当前解析结果
SmilChr07G002827| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002827 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002827 |
| 描述 | transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28333090 - 28335335 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994032 |
|---|---|
| GeneID | 130994032 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994032 |
| 原始查询 | LOC130994032 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like |
| 产物 | transmembrane emp24 domain-containing protein p24delta7-like |
| Arabidopsis | AT1G26690 (AT1G26690)emp24/gp25L/p24 family/GOLD family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839210] identity=46.4; qcov=1.16; evalue=1.36e-55; confidence=high |
| Rice | Os07g0632700 (P0519E12.121)- identity=48; qcov=1.09; evalue=2.71e-53; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005793 (endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0007030 (Golgi organization); GO:0030134 (COPII-coated ER to Golgi transport vesicle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01105 (EMP24_GP25L) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994032 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057775053.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057775053.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775053.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775053.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775053.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28333564 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B88 |
Chr7:28333564 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr7:28333571 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 102 | A15,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A7,A9,B1,B100,B103,B104,B105,B107,B109,B114,B115,B117,B118,B123,B126,B128,B13,B130,B133,B140,B15,B16,B18,B19,B20,B23,B27,B28,B33,B35,B38,B39,B4,B46,B5,B50,B56,B57,B60,B62,B63,B66,B67,B69,B70,B74,B76,B77,B83,B84,B85,B90,B92,B95,B96,B98,C10,C13,C15,C18,C21,C22,C28,C29,C3,C37,C4,C40,C41,C46,C48,C49,C53,C54,C55,C56,C58,C60,C63,C64,C67,C68,C7,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C84,C87,D10,D11,D4 |
Chr7:28333609 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:28335141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775053.1PF01105
EMP24_GP25L 108-174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775053.1 |
Pfam | PF01105 |
EMP24_GP25L | Domain | 108 | 174 | 3.9e-28 | 99.5 | emp24/gp25L/p24 family/GOLD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。