当前解析结果
SmilChr07G002844| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002844 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002844 |
| 描述 | L-galactose dehydrogenase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28542002 - 28543626 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994036 |
|---|---|
| GeneID | 130994036 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994036 |
| 原始查询 | LOC130994036 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | L-galactose dehydrogenase-like |
| 产物 | L-galactose dehydrogenase-like |
| Arabidopsis | AT4G33670 (AT4G33670)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829509] identity=59.5; qcov=1.32; evalue=3.3e-70; confidence=high |
| Rice | Os12g0482700- identity=54; qcov=1.32; evalue=2.67e-64; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0010349 (L-galactose dehydrogenase activity); GO:0019853 (L-ascorbic acid biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994036 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057775058.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057775058.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775058.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775058.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775058.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28542540 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A10,A18,A7,B100,B132,B5,C19,C31,C57,C59,D4 |
Chr7:28542576 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C38 |
Chr7:28543553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B137,C81 |
Chr7:28543578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B34,C38 |
Chr7:28543579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。