当前解析结果
SmilChr07G002843| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002843 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002843 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002843 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28541682 - 28548136 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994038 |
|---|---|
| GeneID | 130994038 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994038 |
| 原始查询 | LOC130994038 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28834 (KOKOPELLI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994038 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057775059.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057775059.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775059.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775059.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775059.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28544765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr7:28544772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B132,C2,C41 |
Chr7:28544789 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B72 |
Chr7:28544801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B125,B86,C81 |
Chr7:28544824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,C81 |
Chr7:28544838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B132,C2,C41 |
Chr7:28544852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B139,C1,C49 |
Chr7:28544852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B139,C1,C49 |
Chr7:28544931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr7:28544953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr7:28545228 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,C17,C45,C61 |
Chr7:28545307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B125,B86,C17,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775059.1PF28834
KOKOPELLI 1-72 aa
PF28834
KOKOPELLI 495-718 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775059.1 |
Pfam | PF28834 |
KOKOPELLI | Family | 1 | 72 | 9.7e-28 | 98.5 | KOKOPELLI |
XP_057775059.1 |
Pfam | PF28834 |
KOKOPELLI | Family | 495 | 718 | 9.7e-28 | 98.5 | KOKOPELLI |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。