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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003518

染色体: Chr01 坐标: 53807204-53814924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003518
名称SmilChr01G003518
描述uncharacterized SmilChr01G003518
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53807204 - 53814924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994044
GeneID130994044
locus_tag-
NCBI NameLOC130994044
原始查询LOC130994044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226]; symbol=AT5G42210; hit=AT5G42210; species=arabidopsis; confidence=high
产物Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226]; symbol=AT5G42210; hit=AT5G42210; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G42210 (AT5G42210)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226]
identity=52.7; qcov=1.06; evalue=2.64e-153; confidence=high
RiceOs11g0151500 (OsENA1)
-
identity=34.7; qcov=1.04; evalue=2.55e-80; confidence=low
GOGO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994044

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057775068.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057775072.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057775068.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057775072.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775068.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53807353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:53809932 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A13,B100,B106,B130,B132,B16,B27,B34,B54,B74,C17,C29,C38,C40,C74,C75,C86
Chr1:53811007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B9,C47,C59
Chr1:53814755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B140,B47,C16,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775068.1
430 aa
N
1
215
430
MFS_1
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 10-373 aa PF07690 MFS_1 238-408 aa
XP_057775072.1
403 aa
N
1
202
403
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 10-305 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775068.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 10 373 9.9e-38 130.6 Major Facilitator Superfamily
XP_057775068.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 238 408 9.9e-38 130.6 Major Facilitator Superfamily
XP_057775072.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 10 305 2.7e-23 83.2 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919089.1
AAATCCTTATTCTCCTTCTTCTTCACTTTATACTTCCATTCTTCTTAAGAAATTAATTCACACACACATACACACACACAATATATATAACATATAGATAGATAGATGGAGGAGAAGTTTGGGCAGAGCCACCTGTTTATGACAGTTTTCCTGCATTGCTTTGCCTCTCGAATGGTGGCTCCGGTGATCACCGACGTCACGATGGCGGCGGTTTGCCCCGGCCAAGATGAATGCTCCTTTGCTGTATACCTCACCGGAGC...
XM_057919085.1
AAATCCTTATTCTCCTTCTTCTTCACTTTATACTTCCATTCTTCTTAAGAAATTAATTCACACACACATACACACACACAATATATATAACATATAGATAGATAGATGGAGGAGAAGTTTGGGCAGAGCCACCTGTTTATGACAGTTTTCCTGCATTGCTTTGCCTCTCGAATGGTGGCTCCGGTGATCACCGACGTCACGATGGCGGCGGTTTGCCCCGGCCAAGATGAATGCTCCTTTGCTGTATACCTCACCGGAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994044
ATGGAGGAGAAGTTTGGGCAGAGCCACCTGTTTATGACAGTTTTCCTGCATTGCTTTGCCTCTCGAATGGTGGCTCCGGTGATCACCGACGTCACGATGGCGGCGGTTTGCCCCGGCCAAGATGAATGCTCCTTTGCTGTATACCTCACCGGAGCTCAACATGCGATTATAGGATTGGGATCAGTTGTTGTGATGCCGGTAATAGGGAAGCTGTCCGACACCTACGGCAGAAAATTCATGCTCACTCTCCCTCTCACTCT...
LOC130994044
ATGGAGGAGAAGTTTGGGCAGAGCCACCTGTTTATGACAGTTTTCCTGCATTGCTTTGCCTCTCGAATGGTGGCTCCGGTGATCACCGACGTCACGATGGCGGCGGTTTGCCCCGGCCAAGATGAATGCTCCTTTGCTGTATACCTCACCGGAGCTCAACATGCGATTATAGGATTGGGATCAGTTGTTGTGATGCCGGTAATAGGGAAGCTGTCCGACACCTACGGCAGAAAATTCATGCTCACTCTCCCTCTCACTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775068.1
MEEKFGQSHLFMTVFLHCFASRMVAPVITDVTMAAVCPGQDECSFAVYLTGAQHAIIGLGSVVVMPVIGKLSDTYGRKFMLTLPLTLSIFPLAILAYKRTKYYLYAYYMLETVIAMATEGSVLLLALAYVADNVEESRRASVFAIMSGFSSASFVLGNLSARFLSTSATFQVAAGMSVIGLVYMRLFLPKSMSRNVSENDCLLEKSPSKKWKLFMTVDSLHEAICLLRISPTLSKAAVIAFFSTMADVGLYSSLMYYLKA...
XP_057775072.1
MEEKFGQSHLFMTVFLHCFASRMVAPVITDVTMAAVCPGQDECSFAVYLTGAQHAIIGLGSVVVMPVIGKLSDTYGRKFMLTLPLTLSIFPLAILAYKRTKYYLYAYYMLETVIAMATEGSVLLLALAYVADNVEESRRASVFAIMSGFSSASFVLGNLSARFLSTSATFQVAAGMSVIGLVYMRLFLPKSMSRNVSENDCLLEKSPSKKWKLFMTVDSLHEAICLLRISPTLSKAAVIAFFSTMADVGLYSSLMYYLKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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