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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002872

染色体: Chr07 坐标: 28938623-28939120 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002872
名称SmilChr07G002872
描述nodulin-related protein 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28938623 - 28939120 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994048
GeneID130994048
locus_tag-
NCBI NameLOC130994048
原始查询LOC130994048

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述nodulin-related protein 2-like
产物nodulin-related protein 2-like
ArabidopsisAT2G03440 (NRP1)
nodulin-related protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814873]
identity=48.8; qcov=0.497; evalue=1.08e-16; confidence=low
RiceOs10g0330000
-
identity=48; qcov=0.455; evalue=2.5e-14; confidence=low
GOGO:0009408 (response to heat); GO:0010115 (regulation of abscisic acid biosynthetic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775069.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775069.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775069.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775069.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775069.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28938643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B129,B86,C17
Chr7:28938842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C23
Chr7:28938894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B32,C23
Chr7:28938922 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 29 A10,A22,B10,B105,B106,B110,B124,B125,B3,B30,B50,B52,B6,B76,B78,B85,B92,C12,C21,C27,C29,C33,C39,C47,C54,C56,C59,C73,D9
Chr7:28938947 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 11 B105,B11,B121,B131,B34,B41,C11,C55,C69,C74,D8
Chr7:28938960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B60,B79,C68,C81
Chr7:28938963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B129,B132,B2,C12
Chr7:28938970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B69,C12,C38,C59
Chr7:28939006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,B79,C68,C81
Chr7:28939026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr7:28939030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919086.1
ATGGATTTCATCTCAAGCTTCGCAAAAGGCGGCGATTCCAAGAAACAGCCCGCCGCCGGCGAGGAGAAACCCTCAACCGCCGATATTTTGGCGGACGCCAAGGTGGTGTCGGAGGCGGCTCGAGCCCAGTTCAGCAACCAGGCTGAGAAGTGCGACAAGGCCAAGGCCGCCGCCTCCGCCGCCGACCTCCTGGACGCCGCCTCGGACTACGGCAAGCTAGACGAGACCCAGGGAGTCGGCAAGTACGTTGATCAAGCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994048
ATGGATTTCATCTCAAGCTTCGCAAAAGGCGGCGATTCCAAGAAACAGCCCGCCGCCGGCGAGGAGAAACCCTCAACCGCCGATATTTTGGCGGACGCCAAGGTGGTGTCGGAGGCGGCTCGAGCCCAGTTCAGCAACCAGGCTGAGAAGTGCGACAAGGCCAAGGCCGCCGCCTCCGCCGCCGACCTCCTGGACGCCGCCTCGGACTACGGCAAGCTAGACGAGACCCAGGGAGTCGGCAAGTACGTTGATCAAGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775069.1
MDFISSFAKGGDSKKQPAAGEEKPSTADILADAKVVSEAARAQFSNQAEKCDKAKAAASAADLLDAASDYGKLDETQGVGKYVDQAEGYLRQYSGPNSTTAAAAAVAGEDKPAAATGIPSGEGEHIKKAEESVDGGEYVKKAEEKGESEGGYGDLMKAAGGFFNK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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