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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002938

染色体: Chr07 坐标: 29755877-29757512 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002938
名称SmilChr07G002938
描述uncharacterized SmilChr07G002938
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29755877 - 29757512 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994057
GeneID130994057
locus_tag-
NCBI NameLOC130994057
原始查询LOC130994057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=38; qcov=0.468; evalue=5.57e-45; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994057

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775076.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057775076.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775076.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775076.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775076.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29755896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:29755910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B129,B9
Chr7:29755911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:29755924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C7
Chr7:29755936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B98,C73
Chr7:29755941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B62,C85
Chr7:29755945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B128,C69
Chr7:29755950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr7:29755958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B62
Chr7:29755961 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A3,B62,C85
Chr7:29755961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B62,C85
Chr7:29755966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B114,B62,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775076.1
462 aa
N
1
231
462
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 6-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775076.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 6 60 5e-07 30.0 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919093.1
ATGAGGAGGAAAGATTTGACAAGTGAAGAAAGGGCTGCTCTCATTCAGTTCTTGATCATCGAAAGCAAGAATGGCAAGCCACCACGAGGCAAAATGAAGGCTGCCGAACTCAAGTTCGGCGTCTCTCGGCGAACCGTATGTCGTCTTTGGGCTGAGGCAAAGCAAAAACAGATCAACGGTCAGTTTATAAGTTCACAAAGTAGAAAAATTTGTAGACCAAGGAAAAAAAGAGTACAAATTGATCTAGAGTTAATTGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994057
ATGAGGAGGAAAGATTTGACAAGTGAAGAAAGGGCTGCTCTCATTCAGTTCTTGATCATCGAAAGCAAGAATGGCAAGCCACCACGAGGCAAAATGAAGGCTGCCGAACTCAAGTTCGGCGTCTCTCGGCGAACCGTATGTCGTCTTTGGGCTGAGGCAAAGCAAAAACAGATCAACGGTCAGTTTATAAGTTCACAAAGTAGAAAAATTTGTAGACCAAGGAAAAAAAGAGTACAAATTGATCTAGAGTTAATTGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775076.1
MRRKDLTSEERAALIQFLIIESKNGKPPRGKMKAAELKFGVSRRTVCRLWAEAKQKQINGQFISSQSRKICRPRKKRVQIDLELIASIELSKRSTIRRLASGINCSKSTVGRWIDQGLIKAHTSAIKPDLTAPNKLLRLRFCLDNIEYDRLQDKLKFKSMYNTIHIDEKWFYITKASHRFYLTPAEAEPHRSCKSKKFIKKVMFVCAVCRPIFGDDGSVLFDGKIGIFPLTEMVPAKRSSKNRAAGTLEQKPIESITQQV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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