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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002970

染色体: Chr07 坐标: 30209884-30221671 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002970
名称SmilChr07G002970
描述AAA-ATPase At2g46620-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30209884 - 30221671 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994067
GeneID130994067
locus_tag-
NCBI NameLOC130994067
原始查询LOC130994067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述AAA-ATPase At2g46620-like
产物AAA-ATPase At2g46620-like
ArabidopsisAT2G46620 (AT2G46620)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819274]
identity=54.8; qcov=0.62; evalue=5.11e-40; confidence=medium
RiceOs03g0114400 (OSJNBa0090O10.13)
-
identity=39.9; qcov=0.89; evalue=6.07e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994067

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057775086.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775086.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775086.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057775086.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775086.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30209890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B130,B8
Chr7:30209905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B29,C27,C54,C8
Chr7:30209907 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 89 A10,A11,A14,A15,A2,A5,A8,A9,B102,B110,B112,B114,B118,B124,B129,B130,B132,B134,B135,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B22,B23,B25,B28,B3,B31,B33,B37,B53,B58,B59,B6,B61,B65,B68,B69,B70,B71,B73,B78,B80,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B98,C1,C13,C16,C18,C21,C26,C29,C3,C30,C33,C39,C40,C44,C45,C56,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C72,C74,C78,C84,C85,C86,C87,D2
Chr7:30209933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,B62
Chr7:30209938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:30209999 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A1,A5,B106,B113,B12,B121,B20,B21,B33,B42,B45,B55,B59,B76,B93,C15,C21,C29,C5,C53,C69,C73,D1,D5,D8
Chr7:30210018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B86
Chr7:30210020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:30210021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A3,B140,C49,D10
Chr7:30210022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C32
Chr7:30210032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B140,D10
Chr7:30210034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B140,C36,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919103.1
ATGGCGAAGTTTATGAGCTACGACGTCTACGAGATTAATCTGCACAATGTGAGAAACGACGCCGATTTGAAGTACCTTCTCCTCCAAACGACGAAGAATTCGTTGCTCGTGATCGAGGATCTCGACCGTCATTTAGAGGATAAATCGATGGAACTAAGCTTATCCGGAGTCCTCAACTTCATGGATGAAATATTCTTCTGCTGCGGCGAGGAGAGAGTCATGGTCTTCACCATGAACAACAAGGAAAACGTCTGCGCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994067
ATGGCGAAGTTTATGAGCTACGACGTCTACGAGATTAATCTGCACAATGTGAGAAACGACGCCGATTTGAAGTACCTTCTCCTCCAAACGACGAAGAATTCGTTGCTCGTGATCGAGGATCTCGACCGTCATTTAGAGGATAAATCGATGGAACTAAGCTTATCCGGAGTCCTCAACTTCATGGATGAAATATTCTTCTGCTGCGGCGAGGAGAGAGTCATGGTCTTCACCATGAACAACAAGGAAAACGTCTGCGCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775086.1
MAKFMSYDVYEINLHNVRNDADLKYLLLQTTKNSLLVIEDLDRHLEDKSMELSLSGVLNFMDEIFFCCGEERVMVFTMNNKENVCASILRPGRIDVHINFPIYDFTAFKNWSRQNLALQGHSVVMIADYQRTWGMSAQFIPVKDYLSSTLKTIKNGPAKLGLRDRIVTAKESSGWKECSASNSSAGECLPALKQCWQLCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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