Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002980

染色体: Chr07 坐标: 30364050-30364430 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002980
名称SmilChr07G002980
描述uncharacterized SmilChr07G002980
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30364050 - 30364430 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994070
GeneID130994070
locus_tag-
NCBI NameLOC130994070
原始查询LOC130994070

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775089.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775089.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775089.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775089.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775089.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30364088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B133
Chr7:30364091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B2
Chr7:30364096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B67,C79
Chr7:30364118 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A1,B118,B13,B15,B17,B67,B70,B74,B85,B94,C30,C45,C63,D7
Chr7:30364121 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 63 A1,A3,A6,A7,A9,B10,B102,B105,B107,B11,B111,B115,B127,B133,B14,B140,B15,B17,B18,B22,B23,B27,B28,B29,B30,B32,B33,B34,B38,B41,B48,B54,B69,B72,B76,B79,B90,B91,C11,C17,C18,C19,C21,C24,C26,C31,C38,C41,C43,C44,C49,C50,C52,C62,C68,C69,C80,C82,C83,C86,C87,D4,D6
Chr7:30364134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:30364192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:30364200 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B72,B88
Chr7:30364200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,B88
Chr7:30364226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B104,B62
Chr7:30364232 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 13 A1,B118,B13,B15,B67,B70,B74,B85,B94,C30,C45,C63,D7
Chr7:30364245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919106.1
ATGTCGAATTTGTTACTAAAGTGTTTGATGGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCTGCTGCTTGCGTCTGGTCTTGAGGCTAGAAAAGATTGAGTATGTCTTGGACAACCTAATCTCTGTGATTCCCGACAAGCAATTTGCAGAGTATGCATCATTTGACGAAGCTGCTCACAAAAAGCATGTCGAGGATGCAACTGCGGCTCAGTGTGTAATGTTGTCTTCTATGACTACGGAGTTACAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994070
ATGTCGAATTTGTTACTAAAGTGTTTGATGGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCTGCTGCTTGCGTCTGGTCTTGAGGCTAGAAAAGATTGAGTATGTCTTGGACAACCTAATCTCTGTGATTCCCGACAAGCAATTTGCAGAGTATGCATCATTTGACGAAGCTGCTCACAAAAAGCATGTCGAGGATGCAACTGCGGCTCAGTGTGTAATGTTGTCTTCTATGACTACGGAGTTACAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775089.1
MSNLLLKCLMETNKLTGSNFTDWLCCLRLVLRLEKIEYVLDNLISVIPDKQFAEYASFDEAAHKKHVEDATAAQCVMLSSMTTELQRQHEHMFPYEILKHLKSLCASKAHTMEYEILRDLFKCNLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器