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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003016

染色体: Chr07 坐标: 31156177-31156515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003016
名称SmilChr07G003016
描述uncharacterized SmilChr07G003016
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31156177 - 31156515 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994084
GeneID130994084
locus_tag-
NCBI NameLOC130994084
原始查询LOC130994084

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775100.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775100.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775100.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775100.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775100.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31156200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr7:31156264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,C14
Chr7:31156266 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 10 A14,A8,B132,B16,B28,B41,B49,C46,C69,C9
Chr7:31156280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:31156303 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 72 A13,A14,A15,A18,A2,A21,A25,A8,B102,B105,B11,B112,B114,B118,B134,B135,B136,B139,B140,B16,B17,B18,B20,B23,B24,B26,B3,B30,B49,B53,B56,B58,B61,B67,B68,B69,B70,B73,B76,B81,B88,B90,B91,B92,B95,C12,C13,C14,C18,C22,C25,C30,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C47,C55,C60,C63,C7,C72,C74,C78,C8,C80,C86,C87,D2
Chr7:31156324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr7:31156355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr7:31156356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:31156423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B140,B55,C80
Chr7:31156441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B83,C9
Chr7:31156444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B5,C59,D3
Chr7:31156448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B37,B67,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775100.1
112 aa
N
1
56
112
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 36-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775100.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 36 96 1.6e-09 38.2 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919117.1
ATGTTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACACGAGGTACTCTTGTATGATTCTGAGCTTCGACTATTCCCTGGCAAGCTGCAGTCTAAATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCCAATGGGTCCACGTTCACTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994084
ATGTTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACACGAGGTACTCTTGTATGATTCTGAGCTTCGACTATTCCCTGGCAAGCTGCAGTCTAAATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCCAATGGGTCCACGTTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775100.1
MLTELDEWRNEAYESSRIYKERAKKFHDLSIRTKEFKPGHEVLLYDSELRLFPGKLQSKWRGPYVVHKSNWNGTYELLASNGSTFTVNGHRLKTYFKAELDRDMEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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