当前解析结果
SmilChr07G003016| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003016 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003016 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 31156177 - 31156515 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994084 |
|---|---|
| GeneID | 130994084 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994084 |
| 原始查询 | LOC130994084 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994084 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775100.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057775100.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775100.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775100.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775100.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:31156200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr7:31156264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,C14 |
Chr7:31156266 |
TGG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A14,A8,B132,B16,B28,B41,B49,C46,C69,C9 |
Chr7:31156280 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr7:31156303 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 72 | A13,A14,A15,A18,A2,A21,A25,A8,B102,B105,B11,B112,B114,B118,B134,B135,B136,B139,B140,B16,B17,B18,B20,B23,B24,B26,B3,B30,B49,B53,B56,B58,B61,B67,B68,B69,B70,B73,B76,B81,B88,B90,B91,B92,B95,C12,C13,C14,C18,C22,C25,C30,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C47,C55,C60,C63,C7,C72,C74,C78,C8,C80,C86,C87,D2 |
Chr7:31156324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
Chr7:31156355 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr7:31156356 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr7:31156423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B140,B55,C80 |
Chr7:31156441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,B83,C9 |
Chr7:31156444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B5,C59,D3 |
Chr7:31156448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B37,B67,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775100.1PF31073
DUF8803 36-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775100.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 36 | 96 | 1.6e-09 | 38.2 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。