Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003027`

染色体: Chr07 坐标: 31304425-31307019 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003027`
名称	SmilChr07G003027
描述	uncharacterized SmilChr07G003027
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	31304425 - 31307019 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994088`
GeneID	`130994088`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994088`
原始查询	`LOC130994088`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824726]; symbol=AT3G55605; hit=AT3G55605; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824726]; symbol=AT3G55605; hit=AT3G55605; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G55605` (AT3G55605) Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824726] identity=31.3; qcov=0.909; evalue=8.77e-09; confidence=low
Rice	`Os06g0326500` - identity=33.8; qcov=0.448; evalue=6.65e-06; confidence=low
GO	GO:0005759 (mitochondrial matrix)
KEGG	-
Pfam	PF02330 (MAM33)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775105.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057775105.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057775105.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775105.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775105.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:31306538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,B74
`Chr7:31306540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B71,C60,C79
`Chr7:31306577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:31306591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:31306598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,D9
`Chr7:31306617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:31306618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C69,D3
`Chr7:31306624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B26
`Chr7:31306660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B122,B44,C19,C31,C35,C69
`Chr7:31306663`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	140	A1,A10,A18,A19,A22,A23,A25,A4,A5,B1,B10,B102,B103,B106,B109,B11,B111,B113,B117,B120,B121,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B17,B18,B2,B21,B23,B25,B27,B28,B29,B30,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B50,B53,B56,B58,B59,B60,B62,B64,B65,B66,B69,B70,B73,B75,B77,B78,B82,B84,B85,B87,B90,B92,B94,B96,B98,B99,C1,C13,C14,C15,C16,C19,C21,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C43,C45,C50,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D6,D8
`Chr7:31306664`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	140	A1,A10,A18,A19,A22,A23,A25,A4,A5,B1,B10,B102,B103,B106,B109,B11,B111,B113,B117,B120,B121,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B17,B18,B2,B21,B23,B25,B27,B28,B29,B30,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B50,B53,B56,B58,B59,B60,B62,B64,B65,B66,B69,B70,B73,B75,B77,B78,B82,B84,B85,B87,B90,B92,B94,B96,B98,B99,C1,C13,C14,C15,C16,C19,C21,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C41,C43,C45,C50,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D6,D8
`Chr7:31306684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775105.1

165 aa

165

MAM33

PF02330 MAM33 8-106 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775105.1`	Pfam	`PF02330`	MAM33	Domain	8	106	5.6e-08	33.7	Mitochondrial glycoprotein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919122.1
ATGACGTGCAGGCCAGCAGCCCTAGCTGATTTCCCTTTCAAATTGCAACACACTCCCAGTGATCGCGAGCGCATCACGCTGACGAGGGAGCTCGACGGAGAGGAAATTAAGGTCACGCTACTCGGCAACGACCAAAATCAGAATGACTGCTCCGATTCCGATGAGGAATCTCCCGCGAGATCTGCAATCGATCTGATAATTGAAATCTCCAAACCAAATGGAAAATCAATGAAATTTTTTGCCGCTGCTTTTGCTCATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994088
ATGACGTGCAGGCCAGCAGCCCTAGCTGATTTCCCTTTCAAATTGCAACACACTCCCAGTGATCGCGAGCGCATCACGCTGACGAGGGAGCTCGACGGAGAGGAAATTAAGGTCACGCTACTCGGCAACGACCAAAATCAGAATGACTGCTCCGATTCCGATGAGGAATCTCCCGCGAGATCTGCAATCGATCTGATAATTGAAATCTCCAAACCAAATGGAAAATCAATGAAATTTTTTGCCGCTGCTTTTGCTCATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775105.1
MTCRPAALADFPFKLQHTPSDRERITLTRELDGEEIKVTLLGNDQNQNDCSDSDEESPARSAIDLIIEISKPNGKSMKFFAAAFAHKIEVQRLIMRSTSPSFNSQIAAEKGGDDNEEDEDFELSLVRKDFKEFSAEDFVYDGKLGLIFPVFNCNLLLRNGGGGDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器