Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003056`

染色体: Chr07 坐标: 31934215-31935231 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003056`
名称	SmilChr07G003056
描述	uncharacterized SmilChr07G003056
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	31934215 - 31935231 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994098`
GeneID	`130994098`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994098`
原始查询	`LOC130994098`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=30.2; qcov=1.02; evalue=1.41e-30; confidence=low
Rice	`Os01g0930300` - identity=23.1; qcov=0.873; evalue=1.68e-11; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775116.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775116.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057775116.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057775116.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775116.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:31934226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,D9
`Chr7:31934229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B23,C52
`Chr7:31934231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr7:31934240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr7:31934248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B42,B43,B84
`Chr7:31934264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:31934278`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B111,B42,B43,B84
`Chr7:31934278`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B111,B42,B43,B84
`Chr7:31934285`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A13,A14,B118,B127,B44,B48,B84,C25,C4,C56,C83,C86
`Chr7:31934288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C60
`Chr7:31934309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B73
`Chr7:31934309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775116.1

338 aa

169

338

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 2-95 aa PF13456 RVT_3 194-315 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775116.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	2	95	2.3e-17	64.1	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057775116.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	194	315	1.1e-19	71.2	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919133.1
ATGTATTCGGTGAAGTCGGGTTACAGGTTGGCGGTTGAAATTCAGAATCGGGACGCTGCCTCTTCCTCAAACCCTTATGGCCATTTGTGGAGTTGGATTTGGGCCCTAGATGTCATACCCAAAGTTAAAATGTTCATGTGGAAATGCCTTGCAAATGCTCTCCCAACGGCTCAGGCTTTGAGACGTAAGAATGTGAATGTAGATGTTTTGTGTAGAAGATGTGGTGTGGCTGAGGAGTCAATGGAACACGCCTTGAGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994098
ATGTATTCGGTGAAGTCGGGTTACAGGTTGGCGGTTGAAATTCAGAATCGGGACGCTGCCTCTTCCTCAAACCCTTATGGCCATTTGTGGAGTTGGATTTGGGCCCTAGATGTCATACCCAAAGTTAAAATGTTCATGTGGAAATGCCTTGCAAATGCTCTCCCAACGGCTCAGGCTTTGAGACGTAAGAATGTGAATGTAGATGTTTTGTGTAGAAGATGTGGTGTGGCTGAGGAGTCAATGGAACACGCCTTGAGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775116.1
MYSVKSGYRLAVEIQNRDAASSSNPYGHLWSWIWALDVIPKVKMFMWKCLANALPTAQALRRKNVNVDVLCRRCGVAEESMEHALRDCSWVRVLWAVSPIRIQPLGPEEVCSIPAWFEKIRSLPYREVHGLFASLAWATWFTRNMLLFQQKEFSHIECLTFANRALWQNPSSTQIQNQGATRRFCCGDEEIKINSDTAIKVGMKIGIGSVLTNREGTILGCRFGSKCGAFTVVEGETLAMVEGLKLCRDRGMQDIIAETD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器