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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003101

染色体: Chr07 坐标: 32841336-32843269 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003101
名称SmilChr07G003101
描述uncharacterized SmilChr07G003101
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向32841336 - 32843269 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994108
GeneID130994108
locus_tag-
NCBI NameLOC130994108
原始查询LOC130994108

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsFbox344; symbol=OsFbox344; hit=Os07g0163200; species=rice; confidence=weak
产物OsFbox344; symbol=OsFbox344; hit=Os07g0163200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs07g0163200 (OsFbox344)
-
identity=23.7; qcov=0.893; evalue=6.21e-13; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775127.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775127.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775127.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775127.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775127.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:32841631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B43
Chr7:32841707 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 21 A14,A19,A23,B1,B121,B131,B41,B6,B63,B64,B7,B74,B86,B99,C13,C29,C3,C53,C63,C67,D11
Chr7:32841711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B65
Chr7:32841721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr7:32841723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B32,B61
Chr7:32841741 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 20 A18,A3,A7,A9,B1,B127,B17,B30,B35,B80,B82,B85,C16,C18,C33,C34,C35,C4,C40,C70
Chr7:32841822 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A22,B110,B113,B47,B91,C24,C52,C59,C9,D10
Chr7:32841890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B32,B61,C4
Chr7:32841901 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B27,C14
Chr7:32841901 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 2 B27,C14
Chr7:32841904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B32,C11,C69,C82
Chr7:32841906 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B27,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775127.1
402 aa
N
1
201
402
LRR_At1g61320_AtMIF1
C
PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 128-401 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775127.1 Pfam PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 Repeat 128 401 5.4e-13 49.8 At1g61320/AtMIF1, LRR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919144.1
TTGATTTTTTTTTTTTAATTTTTAATTTGTTGGCTTTTACGTTTATATGATAAGAAAGTGAAGTAGAAATTAAAAAGAAATTGCAGAAACCAATTATCTGTATGTGTTCTGCATTGTTGTTGATGTATTATTACTTATTAGGTTGATCGAATTAGCGTGCTACCGAAAGAAGTATTAGGGTTGATATTGTCTTTGTTGACGGCCAAGGAAGATACTGCGACTAGCATACTTTGTCGTTCATGGAGATACTTGTGAGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994108
ATGGATTTTGATGGCACACAATCATTACGTAAGTTTAATAGATTTATGAAAACTTTTGGATTCACGAATCCATCACTGAGCAAGGCATGTATAGAGCCATTGGAAGAGGAAAGGCGTAAGTTCGTTAGATGGGTTGATCGCATTATAGTGTTGAACCAGTGTTTGGATCATAGGTCCAATCTCGAGGAATTCAAAGTGTATTTCGATTTAATTCAAACTCATAGAGAATGGATTGATGATTGGCTCAGCTATGCTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775127.1
MDFDGTQSLRKFNRFMKTFGFTNPSLSKACIEPLEEERRKFVRWVDRIIVLNQCLDHRSNLEEFKVYFDLIQTHREWIDDWLSYAFSRKVERLELSLTCEAWGSDRFHRDSHLCYEFPYKKRNLPNNFEVLKKLCLHLVSVSGEVVQLFLEKCPLLEQVSVCGSQALLSLEIVATFPSIKCLEISLCHKLKSVVLRDSNVVTIKYSGKIIPFVLVNVPLLTQLWIKSLVPGPGRLKDVVGMFSPVLPQIEMLKIYPSLIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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