Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003164`

染色体: Chr07 坐标: 33673298-33674741 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003164`
名称	SmilChr07G003164
描述	uncharacterized SmilChr07G003164
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	33673298 - 33674741 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994122`
GeneID	`130994122`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994122`
原始查询	`LOC130994122`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G42905` (AT5G42905) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834302] identity=28.1; qcov=0.618; evalue=2.59e-09; confidence=low
Rice	`Os06g0683500` - identity=30.6; qcov=0.336; evalue=8.55e-11; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775140.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057775140.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057775140.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775140.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775140.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:33673347`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A10,A15,A18,A24,B104,B127,B140,B82,C40,C70,D11
`Chr7:33673349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B51,C14
`Chr7:33673431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:33673437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C46,D6,D9
`Chr7:33673447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A23,B136,B46,B82
`Chr7:33673478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr7:33673587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	56	A10,A25,A4,A5,B100,B104,B106,B111,B121,B122,B124,B126,B19,B2,B24,B25,B26,B29,B32,B34,B47,B54,B60,B62,B66,B71,B72,B76,B87,B9,B90,B92,C11,C19,C21,C22,C26,C3,C31,C38,C42,C43,C46,C5,C58,C62,C65,C69,C70,C74,C78,C85,C87,D3,D6,D9
`Chr7:33673626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:33673659`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A13,A16,A23,B128,B130,B136,B15,B27,B46,B73,B82,B94,C84
`Chr7:33673716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:33673773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A13,A16,A23,B128,B130,B136,B15,B27,B46,B73,B82,B94,C84
`Chr7:33673794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	43	A10,A18,A25,A4,A5,B100,B104,B106,B111,B126,B129,B19,B2,B24,B26,B29,B32,B34,B47,B54,B60,B66,B71,B72,B8,B87,B9,C19,C22,C26,C31,C38,C43,C46,C5,C58,C62,C74,C78,C85,D3,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775140.1

369 aa

184

369

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 37-117 aa PF13456 RVT_3 216-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775140.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	37	117	5.9e-16	59.6	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057775140.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	216	335	5.5e-15	56.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919157.1
ATGGCATGCAAAATTGATATCAAGGAGGCTTTTGATACGCTGCGTTGGGATTTCTTGCTCAAAGTTTTGCGGGTTGCTGGTTATGTGGATAACTTTGTAACTGTTGCCCTCGCTTTTGCTCAACATTGTCATCGTTTTCCCAAAGTTTTGTGGGGTTCTTGGATTTGGGAAAACTATATTCCCATTAAGCGATCTCTTATTTGCTGGCGGCTGCTGCACAATCGTGTGCCAACGTTCGACCATCTGCGGAGGCAGGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994122
ATGGCATGCAAAATTGATATCAAGGAGGCTTTTGATACGCTGCGTTGGGATTTCTTGCTCAAAGTTTTGCGGGTTGCTGGTTATGTGGATAACTTTGTAACTGTTGCCCTCGCTTTTGCTCAACATTGTCATCGTTTTCCCAAAGTTTTGTGGGGTTCTTGGATTTGGGAAAACTATATTCCCATTAAGCGATCTCTTATTTGCTGGCGGCTGCTGCACAATCGTGTGCCAACGTTCGACCATCTGCGGAGGCAGGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775140.1
MACKIDIKEAFDTLRWDFLLKVLRVAGYVDNFVTVALAFAQHCHRFPKVLWGSWIWENYIPIKRSLICWRLLHNRVPTFDHLRRQGFIASSYCCFCFSAEETVDHIFWQCSGIKPIWREFLQWFNFQDFSYDIHSFLVAACNRDTSSQVRTFWKIGIITLIRVIWTLRNACIFKDKVFYAKHLLQIVCVAFKEAAPPPVIINVYWWPPVSHWIKVNTDGSPLGSPGKIVAGGVFIDKFGWVRGCFHYNGGTGFAFETELL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器