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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003179

染色体: Chr07 坐标: 33849962-33851620 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003179
名称SmilChr07G003179
描述uncharacterized SmilChr07G003179
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33849962 - 33851620 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994126
GeneID130994126
locus_tag-
NCBI NameLOC130994126
原始查询LOC130994126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775145.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057775145.1
3 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057775145.1
4 PML body PML body 0.20000 XP_057775145.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775145.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33850806 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B125,C19,D2
Chr7:33850806 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B125,C19,D2
Chr7:33850807 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 159 A1,A10,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B101,B102,B103,B105,B106,B108,B11,B114,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B128,B129,B13,B130,B131,B135,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B35,B4,B40,B41,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B65,B66,B67,B68,B69,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B8,B81,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,C1,C10,C12,C13,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C26,C30,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C58,C59,C6,C60,C62,C68,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C87,D1,D10,D11,D5,D6,D8
Chr7:33850809 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 158 A1,A10,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B101,B102,B103,B105,B106,B108,B114,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B128,B129,B13,B130,B131,B135,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B35,B4,B40,B41,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B65,B66,B67,B68,B69,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B8,B81,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,C1,C10,C12,C13,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C26,C30,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C58,C59,C6,C60,C62,C68,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D10,D11,D5,D6,D8
Chr7:33850815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C10
Chr7:33850823 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A4,B109,B110,B129,B44,B82
Chr7:33850830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:33850833 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A22,B23,B90
Chr7:33850833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B23,B90
Chr7:33850848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B53,B74,C10
Chr7:33850854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr7:33850865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C18,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919162.1
ATGCGTTGCCGATGCTCGCATAGCACTGATGTTCATGTGCCCAGACCTGCAACACGATCTCACTCTGAGAGGAGACGCGAGCTCGAGCCCGAGCCCGAGTCCGATCCGGCGCAGCGTACATCCGCAGAGGCCCCATCGCATCACCGATCCCCTGCACACGAGTCTCCTGCACGAGAGGCGGGACATACTACTGGTGATGGCATGCACACCCCGCAGTGGCAGCATGATCCGTTTGGTGGCTCGACTACTTTTGGGGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994126
ATGCGTTGCCGATGCTCGCATAGCACTGATGTTCATGTGCCCAGACCTGCAACACGATCTCACTCTGAGAGGAGACGCGAGCTCGAGCCCGAGCCCGAGTCCGATCCGGCGCAGCGTACATCCGCAGAGGCCCCATCGCATCACCGATCCCCTGCACACGAGTCTCCTGCACGAGAGGCGGGACATACTACTGGTGATGGCATGCACACCCCGCAGTGGCAGCATGATCCGTTTGGTGGCTCGACTACTTTTGGGGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775145.1
MRCRCSHSTDVHVPRPATRSHSERRRELEPEPESDPAQRTSAEAPSHHRSPAHESPAREAGHTTGDGMHTPQWQHDPFGGSTTFGDVQTPHMGVHHLPPFGESSSYGGPRYSWAEQGTSSAYPLEPPRSSMPILRDAGYSQAEMHEYWKQYSGGVSEAVAAVPLSICAPEVPRRSHRQRNPSAALRSPYVHSAVPKPIEQQYVDGFERMMEAGRRGHYQTVLVAESGHPLPYNFWTGMQNTRT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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