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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003268

染色体: Chr07 坐标: 34440662-34441412 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003268
名称SmilChr07G003268
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向34440662 - 34441412 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994146
GeneID130994146
locus_tag-
NCBI NameLOC130994146
原始查询LOC130994146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=weak
产物orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisATMG00810
-
identity=26.1; qcov=0.887; evalue=5.88e-14; confidence=low
Ricegene-orf490 (orf490)
-
identity=23.1; qcov=1.29; evalue=2.93e-14; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775159.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775159.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775159.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775159.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:34440692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:34440988 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 14 A10,B12,B14,B20,B59,B6,B63,C41,C42,C68,C8,C84,D1,D10
Chr7:34440993 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 14 A10,B12,B14,B20,B59,B6,B63,C3,C41,C42,C68,C84,D1,D10
Chr7:34441028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B132,C35
Chr7:34441057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C41,C42
Chr7:34441069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,C24
Chr7:34441116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:34441132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,C24
Chr7:34441295 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A10,A20,B1,B106,B118,B129,B20,B24,B27,B28,B30,B38,B42,B43,B59,B63,B84,B98,C20,C24,C3,C39,C52,C60,C68,C71,C8,D2,D9
Chr7:34441355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B61,C19,C31
Chr7:34441364 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 72 A18,A20,A24,A25,A5,A6,A7,A8,B103,B108,B109,B111,B113,B114,B127,B132,B133,B134,B138,B140,B16,B18,B23,B30,B35,B36,B40,B49,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B69,B74,B75,B76,B78,B9,B95,B96,C13,C16,C18,C19,C27,C29,C31,C33,C35,C37,C38,C4,C41,C43,C45,C51,C54,C60,C63,C72,C73,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D4,D8,D9
Chr7:34441386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B7,C35,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919176.1
ATGTCGATGATGGGAGAGATGAATTTCTTTTTTGGAGTACAAGTAAAGCAAACTAAAGAAGGAATACTGATCAATCAGTCGAAGTATGTTAAGGAACTTATCAACAAGTTCAGAGTTCAACACATGAAGACGGTGAAGATTCCCATGAACACCAACTGGAAGTCAGACCCAAAGGAAGCACACATGGATGCAGCAAAGCAAATTCTACGATATCTCAAAGGCACACCAAATGTAGGCCTATGGTATCCAGCCGATGACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994146
ATGTCGATGATGGGAGAGATGAATTTCTTTTTTGGAGTACAAGTAAAGCAAACTAAAGAAGGAATACTGATCAATCAGTCGAAGTATGTTAAGGAACTTATCAACAAGTTCAGAGTTCAACACATGAAGACGGTGAAGATTCCCATGAACACCAACTGGAAGTCAGACCCAAAGGAAGCACACATGGATGCAGCAAAGCAAATTCTACGATATCTCAAAGGCACACCAAATGTAGGCCTATGGTATCCAGCCGATGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775159.1
MSMMGEMNFFFGVQVKQTKEGILINQSKYVKELINKFRVQHMKTVKIPMNTNWKSDPKEAHMDAAKQILRYLKGTPNVGLWYPADDNFKLSGYLDSDFAGCKIERKSTPGTCQFLVQQLKDYRIKEREVPIYCDSSSAIAISQNSVHHTDRDRKDVIRTAKAQAMHVMIIASTNTDT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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