当前解析结果
SmilChr07G003268| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003268 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003268 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 34440662 - 34441412 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994146 |
|---|---|
| GeneID | 130994146 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994146 |
| 原始查询 | LOC130994146 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=26.1; qcov=0.887; evalue=5.88e-14; confidence=low |
| Rice | gene-orf490 (orf490)- identity=23.1; qcov=1.29; evalue=2.93e-14; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994146 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775159.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775159.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775159.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775159.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775159.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:34440692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:34440988 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A10,B12,B14,B20,B59,B6,B63,C41,C42,C68,C8,C84,D1,D10 |
Chr7:34440993 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A10,B12,B14,B20,B59,B6,B63,C3,C41,C42,C68,C84,D1,D10 |
Chr7:34441028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B132,C35 |
Chr7:34441057 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C16,C41,C42 |
Chr7:34441069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,C24 |
Chr7:34441116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr7:34441132 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,C24 |
Chr7:34441295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 29 | A10,A20,B1,B106,B118,B129,B20,B24,B27,B28,B30,B38,B42,B43,B59,B63,B84,B98,C20,C24,C3,C39,C52,C60,C68,C71,C8,D2,D9 |
Chr7:34441355 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B61,C19,C31 |
Chr7:34441364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 72 | A18,A20,A24,A25,A5,A6,A7,A8,B103,B108,B109,B111,B113,B114,B127,B132,B133,B134,B138,B140,B16,B18,B23,B30,B35,B36,B40,B49,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B69,B74,B75,B76,B78,B9,B95,B96,C13,C16,C18,C19,C27,C29,C31,C33,C35,C37,C38,C4,C41,C43,C45,C51,C54,C60,C63,C72,C73,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D4,D8,D9 |
Chr7:34441386 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B7,C35,C40 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。