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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003349

染色体: Chr07 坐标: 35950133-35950489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003349
名称SmilChr07G003349
描述uncharacterized SmilChr07G003349
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35950133 - 35950489 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994164
GeneID130994164
locus_tag-
NCBI NameLOC130994164
原始查询LOC130994164

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Alpha/beta hydrolase related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818598]; symbol=AT2G40095; hit=AT2G40095; species=arabidopsis; confidence=low
产物Alpha/beta hydrolase related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818598]; symbol=AT2G40095; hit=AT2G40095; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G40095 (AT2G40095)
Alpha/beta hydrolase related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818598]
identity=50; qcov=0.915; evalue=3.06e-20; confidence=low
RiceOs01g0647700
-
identity=39.4; qcov=0.602; evalue=3.64e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994164

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057775180.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775180.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775180.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057775180.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057775180.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35950151 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 A7,C6
Chr7:35950151 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 A7,C6
Chr7:35950164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:35950210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr7:35950274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:35950301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B67,C76
Chr7:35950335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B117,C53
Chr7:35950342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,B94,C31,C34,C76
Chr7:35950409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C1
Chr7:35950447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919197.1
ATGGCATTCTCCAAGGATGAAAAAACGTACGGCAAGGCGACGCTCGCGGTTCTGAGATGGATCAAAACCCTATTCTTCCTGATCACGATGTTGCTATCTCTACTCCTATTCTCCGCCCCGGTTCTCCTCGTCGTCGCCGACGCGCTCCTCCCCTCCGCCTTCCTGTCCGCCACCATGTCACTGTCGTCCCTCAACCTCCAGACGCTCTCCTCCCACCTCGGCAACTACGACTTCCGCTACTCGCTCATCCATATCCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994164
ATGGCATTCTCCAAGGATGAAAAAACGTACGGCAAGGCGACGCTCGCGGTTCTGAGATGGATCAAAACCCTATTCTTCCTGATCACGATGTTGCTATCTCTACTCCTATTCTCCGCCCCGGTTCTCCTCGTCGTCGCCGACGCGCTCCTCCCCTCCGCCTTCCTGTCCGCCACCATGTCACTGTCGTCCCTCAACCTCCAGACGCTCTCCTCCCACCTCGGCAACTACGACTTCCGCTACTCGCTCATCCATATCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775180.1
MAFSKDEKTYGKATLAVLRWIKTLFFLITMLLSLLLFSAPVLLVVADALLPSAFLSATMSLSSLNLQTLSSHLGNYDFRYSLIHIPLVTRVVRYSLIDIPLIKSRRRRRGASLREGSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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