当前解析结果
SmilChr07G003357| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003357 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003357 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003357 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 36054366 - 36056230 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994167 |
|---|---|
| GeneID | 130994167 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994167 |
| 原始查询 | LOC130994167 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=36.8; qcov=0.187; evalue=8.07e-16; confidence=weak |
| Rice | Os11g0672600- identity=26.4; qcov=0.963; evalue=5.55e-31; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994167 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775182.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057775182.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775182.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775182.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775182.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:36054451 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B91,C30,C84,D9 |
Chr7:36054459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B21,B48,B49,C29,C55 |
Chr7:36054459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B21,B48,B49,C29,C55 |
Chr7:36054461 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A11,A5,B130,B135,B21,B39,B48,B49,B57,B88,B96,C1,C29,C51,C55,C70,C86 |
Chr7:36054470 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 54 | A20,A8,B101,B105,B11,B111,B113,B118,B120,B134,B16,B2,B20,B25,B30,B35,B40,B46,B56,B58,B65,B66,B79,B8,B9,B97,C10,C12,C14,C15,C2,C24,C3,C30,C33,C34,C42,C44,C47,C49,C5,C51,C56,C57,C58,C60,C65,C66,C7,C76,C79,C80,C82,D9 |
Chr7:36054494 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | A23,B120,B122,B13,B29,B60,B66,B84,B95,C24,C25,C4,C50,C63,C70,D3 |
Chr7:36054517 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A19,B105,B124,B125,B32,B88,B91,B93,C30,C48,C5,C68,C84,C86,D9 |
Chr7:36054527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B21,B35,B43 |
Chr7:36054527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B35,B43 |
Chr7:36054542 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B35 |
Chr7:36054542 |
ATC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr7:36054555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 40 | A15,A20,A22,B101,B105,B120,B13,B133,B136,B20,B25,B4,B40,B43,B56,B58,B8,B82,B85,B93,C11,C12,C15,C27,C3,C30,C43,C45,C47,C49,C5,C51,C56,C65,C7,C80,C82,D2,D3,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775182.1PF00078
RVT_1 186-315 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775182.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 186 | 315 | 8.8e-13 | 49.3 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。