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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003369

染色体: Chr07 坐标: 36297064-36298039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003369
名称SmilChr07G003369
描述uncharacterized SmilChr07G003369
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36297064 - 36298039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994168
GeneID130994168
locus_tag-
NCBI NameLOC130994168
原始查询LOC130994168

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=39.5; qcov=0.577; evalue=4.62e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775184.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057775184.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057775184.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775184.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775184.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36297070 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B106,B139,C60
Chr7:36297070 GTA G 2bp_deletion CDS_variant 3 B106,B139,C60
Chr7:36297091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B120,B40
Chr7:36297111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,D11,D9
Chr7:36297119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B76,C29,C37,C69
Chr7:36297134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:36297154 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B106,B117,B42,B58,B71,B80,B83,B89,C37,C57,C77
Chr7:36297168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B53,C4
Chr7:36297216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr7:36297219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C55
Chr7:36297226 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A13,A9,B105,B118,B135,B16,B43,B49,B52,B72,B91,C19,C38,C43,C44,C47,C50,C55,C86
Chr7:36297233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919201.1
ATGACGGTAAAGTATGATAGTGCACGGCTGATTGAGGAAAAAGCTGAGGAGGTCACTGTTGAGGTTTCTGGTAGAAAGAAGGTTGAAAAGCAAAAAGCTACTTCGCCAGCAACTGTGACCATACCTTTCCCTCAGCGCCATAAGAAAGAGAGGGTGAAAGAGCAGTTCTCCAAGTTCTTAGAGATCTTCAAGAAAGTGCATATTAATATTTCTTTGGTGGAAGCACTGCAGGAGATGCCGCAGTATGCTAGATTCCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994168
ATGACGGTAAAGTATGATAGTGCACGGCTGATTGAGGAAAAAGCTGAGGAGGTCACTGTTGAGGTTTCTGGTAGAAAGAAGGTTGAAAAGCAAAAAGCTACTTCGCCAGCAACTGTGACCATACCTTTCCCTCAGCGCCATAAGAAAGAGAGGGTGAAAGAGCAGTTCTCCAAGTTCTTAGAGATCTTCAAGAAAGTGCATATTAATATTTCTTTGGTGGAAGCACTGCAGGAGATGCCGCAGTATGCTAGATTCCTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775184.1
MTVKYDSARLIEEKAEEVTVEVSGRKKVEKQKATSPATVTIPFPQRHKKERVKEQFSKFLEIFKKVHINISLVEALQEMPQYARFLKDIISGKKRLGEFETVNLNEECSAILQRKLLAKVKDPGSFTHSCIIGGQHFGRSFCDLGARINLMPLSIFQQLAIGELKHTSLRLQMADRTQVIRIHRKGAWLEKVEQGAAGRSTSCTSLLEEFAILSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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