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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003378

染色体: Chr07 坐标: 36481870-36483537 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003378
名称SmilChr07G003378
描述uncharacterized SmilChr07G003378
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36481870 - 36483537 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994174
GeneID130994174
locus_tag-
NCBI NameLOC130994174
原始查询LOC130994174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=24.8; qcov=0.63; evalue=7.77e-23; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14111 (DUF4283)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775190.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057775190.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057775190.1
4 P-body P-body 0.40000 XP_057775190.1
5 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775190.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36481872 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 28 A11,A6,B103,B115,B120,B121,B131,B137,B18,B20,B27,B37,B54,B60,B75,B78,B90,B92,B97,C18,C20,C51,C65,C69,C7,C75,D5,D6
Chr7:36481875 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 86 A10,A13,A14,A19,A2,A21,A3,A7,A9,B102,B104,B109,B11,B117,B124,B128,B129,B132,B134,B139,B14,B2,B22,B23,B28,B35,B4,B43,B45,B47,B48,B51,B52,B57,B6,B61,B62,B65,B69,B7,B71,B72,B76,B80,B81,B82,B83,B86,B9,B95,B96,C1,C11,C13,C15,C16,C19,C2,C23,C24,C28,C32,C33,C35,C39,C4,C43,C45,C47,C49,C50,C52,C58,C60,C61,C67,C68,C71,C73,C74,C76,C79,C80,C9,D10,D9
Chr7:36481888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr7:36481939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr7:36481941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr7:36481950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C43,C83,C86
Chr7:36481974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C61
Chr7:36482007 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B18
Chr7:36482007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr7:36482031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C76
Chr7:36482043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B25
Chr7:36482057 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775190.1
538 aa
N
1
269
538
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 88-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775190.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 88 172 1.4e-08 35.1 Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919207.1
ATGACCAAGGATAATCATGACATGAATTTGAACGATAGTTCGAAAGAGCACGACGACAGTCTTCATGTGCTAGAGAGAAATAAGGACACGCAGAAGGCTAAGCAGATTTACGATCGTCCATCATATGCGAATGTCATCAGGCCTGTTAGTTCCAGAAAACCGGACGTCCTTGTCCATAGATGTGCCACAGTTTGCCCCGAAGTTATTAACGGAGTTATTTCTCTTAAAATTCCGGAAACTATGTATCAAGATTGGGTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994174
ATGACCAAGGATAATCATGACATGAATTTGAACGATAGTTCGAAAGAGCACGACGACAGTCTTCATGTGCTAGAGAGAAATAAGGACACGCAGAAGGCTAAGCAGATTTACGATCGTCCATCATATGCGAATGTCATCAGGCCTGTTAGTTCCAGAAAACCGGACGTCCTTGTCCATAGATGTGCCACAGTTTGCCCCGAAGTTATTAACGGAGTTATTTCTCTTAAAATTCCGGAAACTATGTATCAAGATTGGGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775190.1
MTKDNHDMNLNDSSKEHDDSLHVLERNKDTQKAKQIYDRPSYANVIRPVSSRKPDVLVHRCATVCPEVINGVISLKIPETMYQDWVKQFQHALIGRFLLRKGEKPRLASDLKTELHNTWKSKSDWQLIPMSKGFYTFKFSTAEDKSIAKRSNFWNLSSGTLRLREWVRNFDPYKEISSLCQVWMRIYYLPVEYWTKEIISSIGRSVGMPIKVDGATADGDIGHFAMVLVEVDLGLPLPESASIDCPDSFFVEFGYEQLPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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