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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003422

染色体: Chr07 坐标: 37388165-37388755 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003422
名称SmilChr07G003422
描述uncharacterized SmilChr07G003422
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37388165 - 37388755 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994187
GeneID130994187
locus_tag-
NCBI NameLOC130994187
原始查询LOC130994187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0205337
-
identity=25.3; qcov=0.888; evalue=7.15e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775203.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775203.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775203.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775203.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37388221 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A5,B106,B2,B60,B71,B8,C58,C62,C78
Chr7:37388278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:37388324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:37388349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C55
Chr7:37388420 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A3,A9,B35,B85,C17,C4
Chr7:37388421 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A15,B13,B38,B39,B4,B46,B49,B5,B51,B52,B63,B79,C25,C28,C36,C49,C55,C64,C66,D7
Chr7:37388434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:37388492 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B114,B120,B18,B48,C24
Chr7:37388492 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 B114,B120,B18,B48,C24
Chr7:37388518 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A15,B13,B38,B39,B4,B46,B49,B5,B51,B52,B63,B79,C25,C28,C36,C49,C55,C64,C66,D7
Chr7:37388528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:37388574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919220.1
ATGGACAAGAGGAGTGATAAGGTGAAGAACTTTGGTGTTGGACGTTTCCATTTTGAGGATAAGTGGTTTTTGGATAAATCTTTTGTCCCTGATTTCCTTTGCGAGCGGACAGCTCTCTCTCATGTTGGCGACTTGCCAACACGTATGGCACACTGTGAAGATTGCCTAAAAAAGTGGGCCGGAAAGAAGTTTAATGGATTGGGAAAGAAGATAGCAGTTCTTAGAAAGGAGAGGATGCAGATGATGCGACAAATGAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994187
ATGGACAAGAGGAGTGATAAGGTGAAGAACTTTGGTGTTGGACGTTTCCATTTTGAGGATAAGTGGTTTTTGGATAAATCTTTTGTCCCTGATTTCCTTTGCGAGCGGACAGCTCTCTCTCATGTTGGCGACTTGCCAACACGTATGGCACACTGTGAAGATTGCCTAAAAAAGTGGGCCGGAAAGAAGTTTAATGGATTGGGAAAGAAGATAGCAGTTCTTAGAAAGGAGAGGATGCAGATGATGCGACAAATGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775203.1
MDKRSDKVKNFGVGRFHFEDKWFLDKSFVPDFLCERTALSHVGDLPTRMAHCEDCLKKWAGKKFNGLGKKIAVLRKERMQMMRQMSEKGTEADFVEISKQIEHAVEAEASHWKQRARVNWLVNGDRNTGAFHSQASRRRKKDTIKKLKDRQEERKEEEQEKAGIIKEYFEELFASSRPTDAGGHFGGDQLSGGEDQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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