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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003434

染色体: Chr07 坐标: 37774359-37775399 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003434
名称SmilChr07G003434
描述uncharacterized SmilChr07G003434
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37774359 - 37775399 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994192
GeneID130994192
locus_tag-
NCBI NameLOC130994192
原始查询LOC130994192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=25.4; qcov=0.488; evalue=8.82e-18; confidence=low
RiceOs12g0156200
-
identity=21.1; qcov=0.506; evalue=1.98e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775207.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775207.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057775207.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775207.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37774378 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 31 A21,A3,A6,A7,A8,B100,B101,B103,B106,B114,B12,B13,B37,B4,B40,B50,B56,B57,B60,B66,B67,B7,B73,B91,C16,C30,C78,C84,C9,D11,D3
Chr7:37774439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C11
Chr7:37774450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B109,B111
Chr7:37774455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr7:37774459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B85
Chr7:37774484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B49
Chr7:37774490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:37774492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B21
Chr7:37774493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B52,C55,C73,D3
Chr7:37774513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C2,D4
Chr7:37774519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B98,C48
Chr7:37774541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919224.1
ATGGATTTCTACAAGAAGCAAGTCGAAGATTTCCGCCACGTCCTTATTGGAAGACTTCTGCTCTGTAAGGGAGATAAACCGAGAACTATTATCGATCTTAAAGTGGAACTTCAACAGCTTTGGCACATAAAGGAGCGCTGGACTCTTACCCCGATGGCTAAAGGATTTTATATCCTGAATTTCAGCAGTGCAGAGGACAAGGCGTTGGTGAAGCAGCGAACTGGATGGGAACTGTCAAAAGGTTCTCTCCGCATCAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994192
ATGGATTTCTACAAGAAGCAAGTCGAAGATTTCCGCCACGTCCTTATTGGAAGACTTCTGCTCTGTAAGGGAGATAAACCGAGAACTATTATCGATCTTAAAGTGGAACTTCAACAGCTTTGGCACATAAAGGAGCGCTGGACTCTTACCCCGATGGCTAAAGGATTTTATATCCTGAATTTCAGCAGTGCAGAGGACAAGGCGTTGGTGAAGCAGCGAACTGGATGGGAACTGTCAAAAGGTTCTCTCCGCATCAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775207.1
MDFYKKQVEDFRHVLIGRLLLCKGDKPRTIIDLKVELQQLWHIKERWTLTPMAKGFYILNFSSAEDKALVKQRTGWELSKGSLRIREWVSFFDPYKEISSLCHVWVRIYYLPIELWHPEVFASIGRIIGLPILFDSTSVHREVGHFTRMLVEVDLAQPLQESMTLGCGNNSFYIEFSDEQLPLYCSHCRLTGHSRDKCNKSKAAMKEDVDPRPELIDTMKGAHIKDPSGDGFAAARAKGRNWQPIDRSSKKVHQPALLAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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