当前解析结果
SmilChr07G003455| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003455 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003455 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003455 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 38604393 - 38607707 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994197 |
|---|---|
| GeneID | 130994197 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994197 |
| 原始查询 | LOC130994197 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=38.7; qcov=0.072; evalue=4.7e-07; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=33.7; qcov=0.29; evalue=5.92e-51; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994197 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057775214.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057775214.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057775214.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775214.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775214.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:38604405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C12,C3,C35,C8 |
Chr7:38604411 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,C20,C47 |
Chr7:38604415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:38604421 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B70,B82,C78 |
Chr7:38604441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A2,B133,B2,B36,B82,B87,B99,C20,C47,C56,C65,C82,D3,D9 |
Chr7:38604446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr7:38604467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B93 |
Chr7:38604479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B133,B36,C20,C47 |
Chr7:38604480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C55,D8 |
Chr7:38604480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr7:38604483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:38604488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775214.1PF00078
RVT_1 368-528 aa
PF17917
RT_RNaseH 631-694 aa
PF13456
RVT_3 730-848 aa
PF17921
Integrase_H2C2 914-952 aa
PF00665
rve 970-1041 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775214.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 368 | 528 | 6.9e-35 | 121.5 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057775214.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 631 | 694 | 1.7e-07 | 32.1 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057775214.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 730 | 848 | 2.4e-15 | 57.3 | Reverse transcriptase-like |
XP_057775214.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 914 | 952 | 1.4e-07 | 32.2 | Integrase zinc binding domain |
XP_057775214.1 |
Pfam | PF00665 |
rve | Domain | 970 | 1041 | 2.3e-11 | 44.6 | Integrase core domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。