Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003465`

染色体: Chr07 坐标: 38734632-38736278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003465`
名称	SmilChr07G003465
描述	uncharacterized SmilChr07G003465
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	38734632 - 38736278 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994202`
GeneID	`130994202`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994202`
原始查询	`LOC130994202`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=29.5; qcov=0.303; evalue=1.09e-21; confidence=low
Rice	`Os09g0268800` - identity=23.5; qcov=0.372; evalue=2e-07; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775219.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775219.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057775219.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057775219.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057775219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:38734641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,D2
`Chr7:38734651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B114,B73,C30
`Chr7:38734653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:38734670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B13,B42,B43,C30
`Chr7:38734673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B27,B64
`Chr7:38734694`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	C40,C68,C78,D7
`Chr7:38734694`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	C40,C68,C78,D7
`Chr7:38734699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B77,C40,C68,D7
`Chr7:38734700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:38734715`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B38,B39,D3
`Chr7:38734715`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B38,B39,D3
`Chr7:38734723`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775219.1

548 aa

274

548

zf-CCHC_4

PF14392 zf-CCHC_4 226-255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775219.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	226	255	3.4e-06	27.3	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919236.1
ATGTCTTCGGAAACTACTGCGGCCGTTGACAAGACTACGACGCCTAAAGACTCCTATGCAAGGATCACGGCTCCACAACGTACCAAAAAACCTGATATCCCTGCGCATAAATTTCAGGCGCTCCGTCCGATCAATATTGGTGATAATGGAGTTCTCAAAGTTCCACGTGATCTGCAACTTTTCCAAGCCAACAAGTTCCAGCATGCCATTATAGGACGTTTATTGTTGAATAAAGGAGAGAAACCGAGAACCACGCGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994202
ATGTCTTCGGAAACTACTGCGGCCGTTGACAAGACTACGACGCCTAAAGACTCCTATGCAAGGATCACGGCTCCACAACGTACCAAAAAACCTGATATCCCTGCGCATAAATTTCAGGCGCTCCGTCCGATCAATATTGGTGATAATGGAGTTCTCAAAGTTCCACGTGATCTGCAACTTTTCCAAGCCAACAAGTTCCAGCATGCCATTATAGGACGTTTATTGTTGAATAAAGGAGAGAAACCGAGAACCACGCGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775219.1
MSSETTAAVDKTTTPKDSYARITAPQRTKKPDIPAHKFQALRPINIGDNGVLKVPRDLQLFQANKFQHAIIGRLLLNKGEKPRTTRDLKSELQSLWAIKSPWFLMPMGKGYYTLKFTTPEDKATAKAHVIWDLKAGSIRLRDWVRYFNPYKESSSLAQVWVRIYELPVEFWHPEVLTGIGHWLGQPLKIDGNSLDDEVAHFARILVEIDLAKKLPENLTIDDGDYAFKIDFSYEYLPLFCTRCKITGHSADKCRKGRKEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器