当前解析结果
SmilChr07G003486| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003486 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003486 |
| 描述 | gamma-hordein-3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 39359894 - 39360358 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994207 |
|---|---|
| GeneID | 130994207 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994207 |
| 原始查询 | LOC130994207 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gamma-hordein-3-like |
| 产物 | gamma-hordein-3-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994207 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775224.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057775224.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.60000 | XP_057775224.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775224.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775224.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:39359895 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D8 |
Chr7:39359895 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr7:39359898 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B64,D8 |
Chr7:39359898 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B64,D8 |
Chr7:39359905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr7:39359944 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C50 |
Chr7:39359962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr7:39359977 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,B33 |
Chr7:39359983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 34 | A15,A4,A6,B102,B104,B11,B112,B117,B123,B126,B13,B138,B20,B21,B28,B33,B36,B4,B42,B47,B50,B68,B81,B87,B9,B97,C1,C20,C22,C36,C44,C61,C78,D6 |
Chr7:39359984 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B44,C84,D8 |
Chr7:39359990 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,A25,B137,B3,B65 |
Chr7:39359994 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。