当前解析结果
SmilChr07G003506| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003506 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003506 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003506 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 39943290 - 39944330 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994212 |
|---|---|
| GeneID | 130994212 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994212 |
| 原始查询 | LOC130994212 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0587600- identity=42.6; qcov=0.16; evalue=2.41e-06; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994212 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057775230.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057775230.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775230.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775230.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775230.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:39943360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B68,B93,C20,C82 |
Chr7:39943377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B20,B33,C36,C59 |
Chr7:39943463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 60 | A10,A16,A22,A24,A3,A5,B10,B101,B106,B107,B109,B112,B113,B122,B127,B128,B132,B137,B139,B22,B25,B26,B42,B43,B44,B5,B55,B57,B59,B60,B61,B64,B66,B67,B70,B71,B73,B78,B84,B85,B94,C10,C15,C19,C21,C24,C29,C32,C37,C38,C39,C53,C60,C62,C72,C75,C76,C81,D4,D7 |
Chr7:39943474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B66,C45 |
Chr7:39943481 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B66,C39,C45,C71 |
Chr7:39943493 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A23,B106,B44,B62,B75,C11,C22,C42,C49,C58 |
Chr7:39943495 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C2,C39 |
Chr7:39943495 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C2,C39 |
Chr7:39943505 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B66,C22,C45 |
Chr7:39943566 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B67,C2,C40 |
Chr7:39943594 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,B45 |
Chr7:39943640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,B76,D1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。