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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003506

染色体: Chr07 坐标: 39943290-39944330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003506
名称SmilChr07G003506
描述uncharacterized SmilChr07G003506
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向39943290 - 39944330 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994212
GeneID130994212
locus_tag-
NCBI NameLOC130994212
原始查询LOC130994212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=42.6; qcov=0.16; evalue=2.41e-06; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775230.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775230.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:39943360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,B93,C20,C82
Chr7:39943377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B33,C36,C59
Chr7:39943463 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 60 A10,A16,A22,A24,A3,A5,B10,B101,B106,B107,B109,B112,B113,B122,B127,B128,B132,B137,B139,B22,B25,B26,B42,B43,B44,B5,B55,B57,B59,B60,B61,B64,B66,B67,B70,B71,B73,B78,B84,B85,B94,C10,C15,C19,C21,C24,C29,C32,C37,C38,C39,C53,C60,C62,C72,C75,C76,C81,D4,D7
Chr7:39943474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B66,C45
Chr7:39943481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B66,C39,C45,C71
Chr7:39943493 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A23,B106,B44,B62,B75,C11,C22,C42,C49,C58
Chr7:39943495 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C2,C39
Chr7:39943495 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 C2,C39
Chr7:39943505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B66,C22,C45
Chr7:39943566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B67,C2,C40
Chr7:39943594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B45
Chr7:39943640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B76,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919247.1
TTGATTATTTTGTGCAGAATTGCACGGATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994212
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775230.1
MANIAKLEFIALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWTNLKERFDHQKTIVLPKARYEWMHLRLQDFKYVSAYNSELFRIVSKLKLCGEKSSDADMLEKTFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYSELISCLLVAEQNNELLLKNHELRPTGSAALPEVNATFNHDNGRGRGKQRGPGRGRGYGRGHGRGKPHDATSSNKKHKASNEHNSYKKEGECQRC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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