当前解析结果
SmilChr07G003640| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003640 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003640 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003640 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 43108202 - 43110213 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994251 |
|---|---|
| GeneID | 130994251 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994251 |
| 原始查询 | LOC130994251 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=26.8; qcov=0.387; evalue=2.37e-12; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17921 (Integrase_H2C2); PF29688 (TnsB_C); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994251 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775272.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057775272.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775272.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775272.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775272.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:43108210 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,D10 |
Chr7:43108211 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 21 | A18,B101,B103,B106,B121,B129,B137,B32,B49,B54,B62,B77,B89,C33,C39,C43,C80,C86,C9,D2,D5 |
Chr7:43108213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr7:43108229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B132,B52,B68,D5 |
Chr7:43108234 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | A23,B114,B121,B134,B32,B77,C39,C43,D7 |
Chr7:43108244 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A14,B118,B122,B3,B88,C11,C50,C69,C83 |
Chr7:43108248 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B119,B135,B25,C39 |
Chr7:43108300 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr7:43108308 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B21,B56 |
Chr7:43108318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr7:43108320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,C13,C36 |
Chr7:43108330 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B104,B107,B49,B88,C16,C39,C61,C65,C67,C9,D5,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775272.1PF17917
RT_RNaseH 4-78 aa
PF13456
RVT_3 113-232 aa
PF17921
Integrase_H2C2 321-372 aa
PF29688
TnsB_C 379-444 aa
PF31073
DUF8803 546-607 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775272.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 4 | 78 | 3.6e-12 | 47.1 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057775272.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 113 | 232 | 4.9e-14 | 53.0 | Reverse transcriptase-like |
XP_057775272.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 321 | 372 | 1.7e-12 | 48.0 | Integrase zinc binding domain |
XP_057775272.1 |
Pfam | PF29688 |
TnsB_C | Domain | 379 | 444 | 7.7e-10 | 39.4 | TnsB C-terminal domain |
XP_057775272.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 546 | 607 | 5.9e-23 | 81.2 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。