Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003668`

染色体: Chr07 坐标: 43861123-43862647 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003668`
名称	SmilChr07G003668
描述	RING-H2 finger protein ATL29
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	43861123 - 43862647 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994254`
GeneID	`130994254`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994254`
原始查询	`LOC130994254`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL29
产物	RING-H2 finger protein ATL29
Arabidopsis	`AT4G17920` (AT4G17920) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827517] identity=42.8; qcov=0.877; evalue=5.81e-81; confidence=medium
Rice	`Os09g0468300` - identity=35.6; qcov=0.783; evalue=7.86e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057775277.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775277.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775277.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775277.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775277.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:43861828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:43861849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:43861869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B100,B15,C72
`Chr7:43862098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A8,B3,B32,B88
`Chr7:43862152`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775277.1

341 aa

170

341

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 158-187 aa PF13923 zf-C3HC4_2 158-200 aa PF13639 zf-RING_2 158-201 aa PF13445 zf-RING_UBOX 159-198 aa PF00097 zf-C3HC4 159-200 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775277.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	158	187	4.7e-09	36.5	RING-like zinc finger
`XP_057775277.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	158	200	1.1e-07	32.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057775277.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	158	201	6.6e-14	52.6	Ring finger domain
`XP_057775277.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	159	198	5.6e-06	27.0	RING-type zinc-finger
`XP_057775277.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	159	200	1e-05	26.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919294.1
ATGATTCCAAATTTGGCCACAGAAGCTAAACGGATTATGTCAACATATAAAAATGCAGATCATAATCATTCACATTCATCCAAACCCAAACAATACTGCAATCCTGTAGCAGCCCTGCGTTTCCCCCCAATTCCAACCGGGGCAATGGCCACAGGCGTCGCCGAACCCTTGCCGCCATCGTCCTCCACCGCGCCGACCTACTCGTACCCTCCGGTGATCATCATCCTCACCATCGTCCTTCTCATATTCTTCTTCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994254
ATGATTCCAAATTTGGCCACAGAAGCTAAACGGATTATGTCAACATATAAAAATGCAGATCATAATCATTCACATTCATCCAAACCCAAACAATACTGCAATCCTGTAGCAGCCCTGCGTTTCCCCCCAATTCCAACCGGGGCAATGGCCACAGGCGTCGCCGAACCCTTGCCGCCATCGTCCTCCACCGCGCCGACCTACTCGTACCCTCCGGTGATCATCATCCTCACCATCGTCCTTCTCATATTCTTCTTCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775277.1
MIPNLATEAKRIMSTYKNADHNHSHSSKPKQYCNPVAALRFPPIPTGAMATGVAEPLPPSSSTAPTYSYPPVIIILTIVLLIFFFAGFFSIYFCRCFMQNLLCTWHLRRSTASAPAGGGASTGTVARGAGLDPSIVESFPSFTYSTVKDYTREKYGLECAICLVEFRSSDVLRLLTACCHVFHQECIDLWLESHKTCPVCRRNLNSPPPSPLKSPRLSVHENEGSHRNDSCSITIKEEEEEEEDNRSRGRGEGEEASCAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器