当前解析结果
SmilChr01G003560| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003560 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003560 |
| 描述 | SH3 domain-containing protein C23A1.17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 54203024 - 54206887 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994272 |
|---|---|
| GeneID | 130994272 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994272 |
| 原始查询 | LOC130994272 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SH3 domain-containing protein C23A1.17-like |
| 产物 | SH3 domain-containing protein C23A1.17-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994272 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775303.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057775303.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057775300.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057775303.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775303.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:54203703 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 75 | A1,A18,A2,A21,A4,B103,B104,B105,B107,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B136,B14,B140,B25,B26,B3,B32,B33,B46,B56,B6,B66,B73,B75,B78,B79,B81,B83,B84,B85,B89,B96,B99,C15,C19,C2,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C46,C48,C52,C54,C59,C63,C65,C67,C68,C74,C75,C76,C8,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D7 |
Chr1:54203710 |
TTA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 75 | A1,A18,A2,A21,A4,B103,B104,B105,B107,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B136,B14,B140,B25,B26,B3,B32,B33,B46,B56,B6,B66,B73,B75,B78,B79,B81,B83,B84,B85,B89,B96,B99,C15,C19,C2,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C46,C48,C52,C54,C59,C63,C65,C67,C68,C74,C75,C76,C8,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D7 |
Chr1:54203785 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,C38,C75,C76,C83 |
Chr1:54203929 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B119,B40,C17,C81,D4 |
Chr1:54204299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,A4,B46,C2,C68 |
Chr1:54204314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B128,B137,B15 |
Chr1:54204429 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr1:54206657 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A1,A16,A22,B124,B132,B133,B20,B23,B27,B33,B46,B52,B88,C31,C47,C51,C67,D2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。