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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003714

染色体: Chr07 坐标: 44881784-44883139 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003714
名称SmilChr07G003714
描述uncharacterized SmilChr07G003714
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向44881784 - 44883139 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994273
GeneID130994273
locus_tag-
NCBI NameLOC130994273
原始查询LOC130994273

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057775299.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775299.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057775299.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775299.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775299.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:44881785 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B130,B41,B45
Chr7:44881785 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 B130,B41,B45
Chr7:44881806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B25
Chr7:44881843 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B120,B126,B44,B99,C38,C46,C66,C76
Chr7:44881850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:44881853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B1,C57
Chr7:44881861 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A18,B1
Chr7:44881861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B1
Chr7:44881862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:44881864 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B1,B12,B130,B65,B79,C18,C4,C42
Chr7:44881867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B30,B95,B97,C57
Chr7:44881882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919316.1
ATGCATCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTTTTGTACCACGAGGATATTGAAAGACTTGCTCGAGAGAACAATGCTGCTAGACGCAGGGCAGAACAAGAGGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCAGAGAGACAAATAGAAGCGGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAAGGGCAGAATGAAAACGCCAACAAGACTCTTCGAGACATGATGTTTCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994273
ATGCATCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTTTTGTACCACGAGGATATTGAAAGACTTGCTCGAGAGAACAATGCTGCTAGACGCAGGGCAGAACAAGAGGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCAGAGAGACAAATAGAAGCGGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAAGGGCAGAATGAAAACGCCAACAAGACTCTTCGAGACATGATGTTTCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775299.1
MHRTRSAGNEDLLYHEDIERLARENNAARRRAEQEAQARERQLEAERQIEAEREMAENPEGQNENANKTLRDMMFPNNLNLRPSAIVLSEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASQALGEYIRLLTFLFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGSAEDLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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