Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003731`

染色体: Chr07 坐标: 45356221-45359484 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003731`
名称	SmilChr07G003731
描述	uncharacterized SmilChr07G003731
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	45356221 - 45359484 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994277`
GeneID	`130994277`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994277`
原始查询	`LOC130994277`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=26.9; qcov=0.137; evalue=2.61e-10; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=31.8; qcov=0.35; evalue=1.92e-57; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775305.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775305.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775305.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057775305.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775305.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:45356249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C10,C52
`Chr7:45356256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr7:45356265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr7:45356281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,B95,C35
`Chr7:45356286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A6,B80,B83,C10,C52
`Chr7:45356286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B80,B83,C10,C52
`Chr7:45356287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,B95,C35
`Chr7:45356288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,C6
`Chr7:45356290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B139,B8,C8,C81
`Chr7:45356325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:45356352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B24
`Chr7:45356377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B110,B9,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775305.1

1087 aa

544

1087

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

PF00078 RVT_1 614-773 aa PF17919 RT_RNaseH_2 836-934 aa PF17917 RT_RNaseH 868-963 aa PF13456 RVT_3 998-1086 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775305.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	614	773	3.7e-32	112.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057775305.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	836	934	3.7e-19	69.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057775305.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	868	963	1.4e-11	45.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057775305.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	998	1086	9e-07	29.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919322.1
ATGGGAACCGATGACCTGTACAGGAATCTGGCTAAGGATTTTGACACAGTCGCGGGGGAGTCAGGAACCGGGAAGGCTGGAATCCCTTCGACCCAAGGGATTAACTTGTCTGAGCTCACACCACCAGGTTTCACCACTTTCAACAACCAGGCCTCGGGGCCTACTGGGACTACTCCGGGAACAACACAGTCTCTGATCGGAACTTCAGCACCAGGGGGTACGGTGCCTACTTCCACACAAGGGCTCCTCAATGTCACGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994277
ATGGGAACCGATGACCTGTACAGGAATCTGGCTAAGGATTTTGACACAGTCGCGGGGGAGTCAGGAACCGGGAAGGCTGGAATCCCTTCGACCCAAGGGATTAACTTGTCTGAGCTCACACCACCAGGTTTCACCACTTTCAACAACCAGGCCTCGGGGCCTACTGGGACTACTCCGGGAACAACACAGTCTCTGATCGGAACTTCAGCACCAGGGGGTACGGTGCCTACTTCCACACAAGGGCTCCTCAATGTCACGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775305.1
MGTDDLYRNLAKDFDTVAGESGTGKAGIPSTQGINLSELTPPGFTTFNNQASGPTGTTPGTTQSLIGTSAPGGTVPTSTQGLLNVTITEQMLAMLNYATIRQLAGMQRPLVTPTALEEVEPITHKKTTTVPAQDRDRELPNISHPVTQKGMGNTGEGQGRNKRKFVTNNVQIEDVGDSTSGTTPQRSRGTQRENTRLKERVSFLKSQLKSLETELREHPQETVRNEVSDEEAYSSEEQEEEPRREIPHKRRAMGTSVRTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器