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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003734`

染色体: Chr07 坐标: 45482967-45484676 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003734`
名称	SmilChr07G003734
描述	uncharacterized SmilChr07G003734
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	45482967 - 45484676 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994278`
GeneID	`130994278`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994278`
原始查询	`LOC130994278`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0142900` - identity=30.6; qcov=0.54; evalue=4.51e-34; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775306.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057775306.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775306.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775306.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775306.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:45483081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C71
`Chr7:45483093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C71
`Chr7:45483112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr7:45483125`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,C25
`Chr7:45483153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B136,C71
`Chr7:45483288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:45483301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:45483335`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr7:45483336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B110,B33,B37,C15
`Chr7:45483338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B110,B33,B37,C15
`Chr7:45483349`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A22,C65
`Chr7:45483349`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A22,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775306.1

569 aa

284

569

Ty3_capsid

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

PF19259 Ty3_capsid 6-139 aa PF08284 RVP_2 266-392 aa PF13650 Asp_protease_2 286-373 aa PF13975 gag-asp_proteas 286-375 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 295-391 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775306.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	6	139	6.3e-09	36.3	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057775306.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	266	392	1.4e-27	96.9	Retroviral aspartyl protease
`XP_057775306.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	286	373	9e-08	33.4	Aspartyl protease
`XP_057775306.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	286	375	2.7e-08	35.0	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057775306.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	295	391	3e-09	38.0	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919323.1
ATGCGCTGCAGTACACATGAGAAGGTGGTCTGTGCCACCTACCAGCTCGAGGGAGAAGCAGATCTATGGTGGGAATCCGTGCGACGCACCCTCACCAATGAGGCATTTGAGGCCATGACATGGGATGAGTTCAAAGAAGCATACCTCACAAGGTACATTACACTAAGCTTTCGACACAAAAGAGAAAATGAAGTTTGGAAACTGCGTCAGGGAAATTGCTCCGTTGAGGAATACGATCGTACATTCAATCAGCTAGCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994278
ATGCGCTGCAGTACACATGAGAAGGTGGTCTGTGCCACCTACCAGCTCGAGGGAGAAGCAGATCTATGGTGGGAATCCGTGCGACGCACCCTCACCAATGAGGCATTTGAGGCCATGACATGGGATGAGTTCAAAGAAGCATACCTCACAAGGTACATTACACTAAGCTTTCGACACAAAAGAGAAAATGAAGTTTGGAAACTGCGTCAGGGAAATTGCTCCGTTGAGGAATACGATCGTACATTCAATCAGCTAGCGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775306.1
MRCSTHEKVVCATYQLEGEADLWWESVRRTLTNEAFEAMTWDEFKEAYLTRYITLSFRHKRENEVWKLRQGNCSVEEYDRTFNQLARYAPAHVDTDAKRAERFRQGLRPEIGVPLSTHDTLTYAQALSKALNAEAQLPKEERRQEKRKWEGPQGQSSNQDSKGKKPWAGSNQPNYQKPQVPRPTCPKCKKEHFGECRQGMTGCYECGEIGHIKKYCPRNNRAPMAQPNQRGPQQPNQNKGGPQRPNQNTRGNPKGNGGPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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