当前解析结果
SmilChr07G003801| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003801 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003801 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003801 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 46818684 - 46819596 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994295 |
|---|---|
| GeneID | 130994295 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994295 |
| 原始查询 | LOC130994295 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G41240 (GSTT2)glutathione S-transferase THETA 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834125] identity=29.2; qcov=0.655; evalue=2.08e-10; confidence=low |
| Rice | Os08g0225900- identity=37; qcov=0.517; evalue=9.23e-19; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994295 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775324.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775324.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775324.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775324.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775324.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:46818713 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 49 | A18,A5,B106,B109,B111,B113,B118,B127,B13,B138,B140,B15,B18,B27,B32,B41,B5,B50,B55,B57,B59,B67,B68,B76,B77,B79,B84,B87,B89,B90,B92,C13,C21,C29,C30,C35,C40,C41,C49,C50,C53,C60,C64,C66,C72,C78,C79,C82,C83 |
Chr7:46818723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B18,B88,C18 |
Chr7:46818723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B18,B88,C18 |
Chr7:46818732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,D7 |
Chr7:46818763 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C69 |
Chr7:46818766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B136,C9 |
Chr7:46818768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | B1,B118,B120,B130,B18,B27,B29,B36,B41,B43,B48,B57,B61,B63,B74,C28,C44,C59,C71 |
Chr7:46818777 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A23,B10,B132,B62,B82,B85,C80 |
Chr7:46818791 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A24,B10,B104,B125,B64,C1,C45,C59 |
Chr7:46818792 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B30,B80,C46 |
Chr7:46818795 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A24,B10,B104,B125,B64,C1,C45,C59 |
Chr7:46818801 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A22,B110,B47,C24,C3,C70,D3 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。