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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003806

染色体: Chr07 坐标: 46906777-46909738 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003806
名称SmilChr07G003806
描述uncharacterized SmilChr07G003806
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向46906777 - 46909738 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994297
GeneID130994297
locus_tag-
NCBI NameLOC130994297
原始查询LOC130994297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=41.9; qcov=0.262; evalue=2.95e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775327.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775327.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775327.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775327.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775327.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:46906784 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B53
Chr7:46906784 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B53
Chr7:46909303 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B128,C55
Chr7:46909303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C55
Chr7:46909334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:46909349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C55,C58
Chr7:46909391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B16,C74,C81
Chr7:46909396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B56,B61,B80
Chr7:46909409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:46909412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,D11
Chr7:46909421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:46909422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919344.1
ATGACGAAAATCGATGAGAGGTTGGAGGCTCAAGAAACTCAATTGAAAATGCTTGAGATGAAAGTTGGGCAAATTGCCGAATCCTTAAGCAACCAACATCAACAAGGGCAATTTCCAAGCAACAAAATTGTGAACCCAAAAGAGCATTGCAAAGCTATTAGTATACTAGGTGAGACAACCTTTGAAGAGTCCAAGATGTACTTGGGAGAGGAGGACATGGTTGAAATAGAGAAGAGCAATGATGGAGGCATTTCTTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994297
ATGACGAAAATCGATGAGAGGTTGGAGGCTCAAGAAACTCAATTGAAAATGCTTGAGATGAAAGTTGGGCAAATTGCCGAATCCTTAAGCAACCAACATCAACAAGGGCAATTTCCAAGCAACAAAATTGTGAACCCAAAAGAGCATTGCAAAGCTATTAGTATACTAGGTGAGACAACCTTTGAAGAGTCCAAGATGTACTTGGGAGAGGAGGACATGGTTGAAATAGAGAAGAGCAATGATGGAGGCATTTCTTCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775327.1
MTKIDERLEAQETQLKMLEMKVGQIAESLSNQHQQGQFPSNKIVNPKEHCKAISILGETTFEESKMYLGEEDMVEIEKSNDGGISSKMQNDKEKKKEVYKAPPPYCPPIPFPQRLPKNNVESEFSKFLEIFRKVNINIPLVEALQQMPNQELEDREQPQEKVSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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