Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003819`

染色体: Chr07 坐标: 47171743-47173200 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003819`
名称	SmilChr07G003819
描述	uncharacterized SmilChr07G003819
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	47171743 - 47173200 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994301`
GeneID	`130994301`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994301`
原始查询	`LOC130994301`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G06105` (AT2G06105) aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693] identity=36.2; qcov=0.142; evalue=8.34e-06; confidence=weak
Rice	`Os12g0292200` - identity=29.8; qcov=0.194; evalue=4.3e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994301

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775330.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775330.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775330.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775330.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775330.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:47171755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B70
`Chr7:47171905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C19
`Chr7:47171929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C19
`Chr7:47171970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B82
`Chr7:47171973`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C6
`Chr7:47171973`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C6
`Chr7:47172058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B67,B82
`Chr7:47172070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr7:47172091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr7:47172094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr7:47172101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B63,B78,B83,C46,D3
`Chr7:47172103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B44,B67,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919347.1
ATGGCCCAACAACAAATGAAGTTCCAGCAAGAGACCGAAAAGTTCATAATGGAGATGAGAGGAGGAATGCAGAATGTGAACTCCCAACTATCACATCTTGCCCAAGCAGTCGCCAGACTTGAAAGCAAACCAGGGGCACTCCCATCCCAAGTGGAGGTGAAGAAGGTGAATGCCATGACACTCAGAGGAGGAAAGGAGTTACCCGAGGTTGATAAGGAGAAAAATAAACAAAAGCCAGAGATCAACGAGCAAGTCGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994301
ATGGCCCAACAACAAATGAAGTTCCAGCAAGAGACCGAAAAGTTCATAATGGAGATGAGAGGAGGAATGCAGAATGTGAACTCCCAACTATCACATCTTGCCCAAGCAGTCGCCAGACTTGAAAGCAAACCAGGGGCACTCCCATCCCAAGTGGAGGTGAAGAAGGTGAATGCCATGACACTCAGAGGAGGAAAGGAGTTACCCGAGGTTGATAAGGAGAAAAATAAACAAAAGCCAGAGATCAACGAGCAAGTCGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775330.1
MAQQQMKFQQETEKFIMEMRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLESKPGALPSQVEVKKVNAMTLRGGKELPEVDKEKNKQKPEINEQVGMGSADEEEFAKEKEAKRKATGKGKDKSSQTEPILPFPNRMAKEQEKEELTELVKIFKKVEVNVPLLVALRSMPRCAKFLKELCTRKVKYTDDAKFQVGESVSAVLQRDMPIKCGDPGMFYIPCVIGTMKVEKAMLDLGASINVIPLSMYQDLEIGPLKPTRVVIQLADRSNVYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器