Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003828`

染色体: Chr07 坐标: 47357811-47358818 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003828`
名称	SmilChr07G003828
描述	glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	47357811 - 47358818 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994306`
GeneID	`130994306`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994306`
原始查询	`LOC130994306`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T3-like
产物	glutathione S-transferase T3-like
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=36; qcov=0.373; evalue=6.56e-15; confidence=low
Rice	`Os11g0303800` - identity=22.8; qcov=0.839; evalue=4.61e-11; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775335.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775335.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775335.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775335.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775335.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:47357849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29
`Chr7:47357877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,C19
`Chr7:47357894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr7:47357898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B41,B85
`Chr7:47357910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B31,B41,B89,C17
`Chr7:47357920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr7:47358007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:47358031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr7:47358042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:47358043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C50,C58,C64
`Chr7:47358103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A7,B104,B106,B55,B57,B58,B69,B70,B73,C49,C61,C79,D1
`Chr7:47358133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B55,C74,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919352.1
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATTCTCAAAATTTCTCAAACTCGCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCGTGAAAATTCCACTCCAGAAAATATCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAACGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCGGATTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994306
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATTCTCAAAATTTCTCAAACTCGCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCGTGAAAATTCCACTCCAGAAAATATCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAACGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCGGATTCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775335.1
MDPRNFFEDSQNFSNSQDYYPNLDNIDSQVFGSGSNPQFPYDLTRENSTPENIHPTNTNTSNGPKGWNDQEDLALMYAWCTCSSDSIVGTNQNKATLWKRIRAMYEESRADNSRLMGEKRSIESLRNRYKRLNANVTKWVGAYEEAYARKSSGMSDADIEKEAQFFYGTTKFTHYEVFEKVMRHHPNWELKLGTERTRARAVDDEDDVDEDRGSFKKSRTTVEDENPNNSTSETPVSVTSTIRRPAGRDKTKAKRKGKAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器