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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003848

染色体: Chr07 坐标: 47725130-47725852 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003848
名称SmilChr07G003848
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47725130 - 47725852 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994311
GeneID130994311
locus_tag-
NCBI NameLOC130994311
原始查询LOC130994311

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=26.5; qcov=0.975; evalue=1.43e-21; confidence=low
RiceOs06g0166100
-
identity=29.7; qcov=0.983; evalue=4.84e-29; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057775339.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775339.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775339.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775339.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:47725248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C10,C79
Chr7:47725253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B84,C79
Chr7:47725391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:47725417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C10
Chr7:47725450 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B132,B89,C55
Chr7:47725450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B89,C55
Chr7:47725459 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A1,A13,A15,B137,B138,B20,B43,B54,B59,B7,B91,C2,C3,C45,C49,C60,C79,C82,C85
Chr7:47725492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B85
Chr7:47725551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C5,C71
Chr7:47725570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B39,B79
Chr7:47725616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B48
Chr7:47725620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919356.1
ATGAATGCAATTGATTCCGTATTCCCGAGCGCTAGTCATCGTCTATGTCAGTGGCATATCAACCAAAACGCGCCATCGCATTTTGGGAAGTTGAATGGGAATTCATTCTTCAAAAAAGCTTGGTTTCATTGTATGAATGGATGTGACACCGAGGATGAATTTGAAGTAACGTTGATGTGTATGATTGATGAATACAGGCTTGAAGAGAACAGATGGTTTAATACCATGTACGGGTTGAAAAAGAGGTGGTCCTCTGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994311
ATGAATGCAATTGATTCCGTATTCCCGAGCGCTAGTCATCGTCTATGTCAGTGGCATATCAACCAAAACGCGCCATCGCATTTTGGGAAGTTGAATGGGAATTCATTCTTCAAAAAAGCTTGGTTTCATTGTATGAATGGATGTGACACCGAGGATGAATTTGAAGTAACGTTGATGTGTATGATTGATGAATACAGGCTTGAAGAGAACAGATGGTTTAATACCATGTACGGGTTGAAAAAGAGGTGGTCCTCTGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775339.1
MNAIDSVFPSASHRLCQWHINQNAPSHFGKLNGNSFFKKAWFHCMNGCDTEDEFEVTLMCMIDEYRLEENRWFNTMYGLKKRWSSVFTNQRFCAGLHATSRSEVTNKVIKNLCSASISLHDFVLKFEEVQIQWRRKEAEEDALCIGMPWLFVQNNELLNSAAKFLTRSVFRKLEHEASYSMNVDLIKGPSSYASDDIEFTVSSCNSGGNPRLVKFNRSSELASCTCRLFETAESSKHSQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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