Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003867

染色体: Chr07 坐标: 48136390-48137041 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003867
名称SmilChr07G003867
描述uncharacterized SmilChr07G003867
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48136390 - 48137041 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994312
GeneID130994312
locus_tag-
NCBI NameLOC130994312
原始查询LOC130994312

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]; symbol=AT3G07750; hit=AT3G07750; species=arabidopsis; confidence=high
产物3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]; symbol=AT3G07750; hit=AT3G07750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07750 (AT3G07750)
3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819966]
identity=74; qcov=0.898; evalue=2.57e-60; confidence=high
RiceOs12g0403800
-
identity=73.6; qcov=0.912; evalue=7.84e-58; confidence=high
GOGO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0034427 (GO:0034427); GO:0034473 (U1 snRNA 3'-end processing); GO:0034475 (U4 snRNA 3'-end processing); GO:0034476 (U5 snRNA 3'-end processing); GO:0043928 (GO:0043928); GO:0071028 (nuclear mRNA surveillance); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071042 (nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process)
KEGG-
PfamPF03725 (RNase_PH_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994312

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775341.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775341.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775341.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775341.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775341.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48136407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A8,B3,B81,B88
Chr7:48136583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:48136614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:48136649 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 108 A10,A11,A2,A21,A4,A7,B1,B10,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B111,B113,B115,B118,B123,B128,B13,B133,B134,B135,B137,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B27,B29,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B50,B52,B53,B54,B57,B58,B60,B62,B64,B69,B70,B72,B74,B77,B82,B86,B87,B9,B90,B91,B92,B95,B97,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C19,C22,C26,C29,C30,C37,C39,C45,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C57,C61,C62,C64,C66,C67,C69,C70,C74,C79,C8,C80,C82,C85,C87,D1,D2,D3,D4,D5,D9
Chr7:48136653 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 16 A3,A5,A9,B100,B25,B35,B47,B65,B67,B85,C31,C41,C43,C7,D11,D6
Chr7:48136688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A8,B3,B81
Chr7:48136830 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A10,A11,A21,B1,B105,B135,B137,B29,B36,B52,B54,B60,B91,B97,B98,C15,C19,C55,C74,C76,C8,C80,C85,D3
Chr7:48136846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:48136857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:48136865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:48136909 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 44 A10,A7,B101,B104,B108,B111,B118,B13,B133,B134,B135,B137,B16,B2,B21,B24,B27,B37,B40,B50,B53,B57,B58,B69,B70,B78,C11,C13,C23,C26,C30,C5,C50,C51,C57,C64,C66,C67,C69,C70,C87,D4,D5,D9
Chr7:48136917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775341.1
137 aa
N
1
68
137
RNase_PH_C
C
PF03725 RNase_PH_C 48-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775341.1 Pfam PF03725 RNase_PH_C Domain 48 112 3.3e-12 46.9 3' exoribonuclease family, domain 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919358.1
ATGGTAATTTGCTGGATGCTTTGGGAGCTGCCATTAAGTGATACAGCTATTCCAAAAGTTCAAGTTTCTGCCAACGCTCCGTCTGATGAGCAGCCGGAGGTTGATGTGAGCGATGAGGAGTTTGTACAATTTGATACATCAGGGGTCCCTGTTATAGTAACTTTAACCAAGGTCGGGGGGGATTATATTGTAGATGCAACTACGGAAGAGGAGTCCCAGATGAGTTCAGCTGTGTCTGTCTCGACCAACAGGCTAGGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994312
ATGGTAATTTGCTGGATGCTTTGGGAGCTGCCATTAAGTGATACAGCTATTCCAAAAGTTCAAGTTTCTGCCAACGCTCCGTCTGATGAGCAGCCGGAGGTTGATGTGAGCGATGAGGAGTTTGTACAATTTGATACATCAGGGGTCCCTGTTATAGTAACTTTAACCAAGGTCGGGGGGGATTATATTGTAGATGCAACTACGGAAGAGGAGTCCCAGATGAGTTCAGCTGTGTCTGTCTCGACCAACAGGCTAGGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775341.1
MVICWMLWELPLSDTAIPKVQVSANAPSDEQPEVDVSDEEFVQFDTSGVPVIVTLTKVGGDYIVDATTEEESQMSSAVSVSTNRLGRICGLTKRGGAGLDPTVMLDTISAAKHVSEQLINKLDSEIAAAEACDEMES

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器