Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003874`

染色体: Chr07 坐标: 48283596-48284471 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003874`
名称	SmilChr07G003874
描述	uncharacterized SmilChr07G003874
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	48283596 - 48284471 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994315`
GeneID	`130994315`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994315`
原始查询	`LOC130994315`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=35.4; qcov=0.564; evalue=1.85e-25; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057775343.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057775343.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057775343.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775343.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775343.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:48283603`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A25,B113,B34,B40,B51,B52,B6,C10,C11,C69,C76,C87,D2
`Chr7:48283624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B72
`Chr7:48283669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	152	A1,A10,A11,A14,A16,A20,A23,A3,A4,A5,A6,B1,B10,B101,B102,B103,B106,B107,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B120,B123,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B136,B16,B17,B20,B21,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B32,B34,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B47,B49,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B68,B71,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B8,B80,B85,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B98,C10,C11,C13,C15,C16,C19,C20,C21,C22,C24,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C37,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C51,C53,C54,C55,C57,C58,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C81,C83,C85,C87,D2,D3,D4,D5,D9
`Chr7:48283686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B123,B134,C53,C77
`Chr7:48283689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	135	A1,A13,A14,A16,A18,A19,A21,A24,A3,A5,A6,A9,B10,B100,B101,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B119,B121,B122,B127,B131,B132,B133,B138,B18,B2,B21,B22,B25,B26,B28,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B50,B51,B55,B56,B59,B6,B60,B61,B63,B65,B66,B68,B69,B70,B71,B75,B76,B77,B79,B8,B81,B83,B84,B85,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B99,C1,C10,C13,C21,C22,C25,C29,C3,C31,C32,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C47,C54,C55,C56,C57,C58,C6,C62,C63,C67,C68,C69,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C86,C87,D1,D2,D4,D6,D8
`Chr7:48283690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	B106,B111,B118,B120,B123,B56,B73,B76,B85,C24,C31,C48,C8,C81,D4,D5
`Chr7:48283720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:48283724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A18,A20,A7,B1,B103,B114,B120,B125,B126,B17,B23,B31,B40,B48,B53,B66,B7,B80,B82,C16,C17,C24,C27,C32,C33,C35,C37,C39,C68,C71,D7
`Chr7:48283726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C53
`Chr7:48283731`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A20,B133,B50,B77,C76
`Chr7:48283731`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A20,B133,B50,B77,C76
`Chr7:48283744`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775343.1

291 aa

146

291

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 3-81 aa PF19259 Ty3_capsid 21-160 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775343.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	3	81	5e-10	40.3	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057775343.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	21	160	5.5e-08	33.2	Ty3 transposon capsid-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919360.1
ATGGCACCACCGACTTTGAAAGGAAATGAGGGACCTTTGGGGACTGAAGAGTGGATGCGTCAGATGGAACGTATTTTCAACTACATGCGTTGTAGAGATGACTCGAAGGTGACATGTGCGGCCTTCCAACTTATAGATGATGCAGGGCATTGGTGGAAGTCAGAAACTGCTACCCTTACTGAGGAGCAGGTGAGAGCCATCACCTGGCGGACATTCAAGGAGAAAGTGATGGGGAAGTATTTCCCAAAGGCTTTTTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994315
ATGGCACCACCGACTTTGAAAGGAAATGAGGGACCTTTGGGGACTGAAGAGTGGATGCGTCAGATGGAACGTATTTTCAACTACATGCGTTGTAGAGATGACTCGAAGGTGACATGTGCGGCCTTCCAACTTATAGATGATGCAGGGCATTGGTGGAAGTCAGAAACTGCTACCCTTACTGAGGAGCAGGTGAGAGCCATCACCTGGCGGACATTCAAGGAGAAAGTGATGGGGAAGTATTTCCCAAAGGCTTTTTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775343.1
MAPPTLKGNEGPLGTEEWMRQMERIFNYMRCRDDSKVTCAAFQLIDDAGHWWKSETATLTEEQVRAITWRTFKEKVMGKYFPKAFCKQKEIELMNLEQRNLTVLEYERKFTQLARFAPHLVDTDEKKAWRFENGLRPEIGGHLAALNITSYSKILERAQAVASRLKLDNSVARPQHTGGKRRWDDREKKRNNQAEKKPRSNMGDNQGFVPNKPLCPRCQRHHFGECRYGENVCYRCHKGGHMAMNCPEAQRINAPNNIPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器