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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003877

染色体: Chr07 坐标: 48363265-48363826 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003877
名称SmilChr07G003877
描述uncharacterized SmilChr07G003877
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48363265 - 48363826 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994317
GeneID130994317
locus_tag-
NCBI NameLOC130994317
原始查询LOC130994317

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775346.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775346.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775346.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775346.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775346.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48363325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C68,C82
Chr7:48363332 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B1,B129,B29,B3,B91,B94
Chr7:48363379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr7:48363416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr7:48363417 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 30 A16,A20,A5,B123,B131,B31,B34,B43,B50,B53,B71,B78,B82,B86,C10,C11,C23,C28,C3,C45,C49,C58,C65,C70,C71,C77,C80,C81,C87,D8
Chr7:48363438 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A9
Chr7:48363438 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A9
Chr7:48363516 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B94
Chr7:48363516 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B94
Chr7:48363541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B20,B98
Chr7:48363571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C73
Chr7:48363597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B106,B63,C10,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919363.1
ATGGCTGAGATGAACGCCAAAATATTGGAGCTTCAACAAATGATGATGAACAAAGAAAGTGAGGAGAAGGGCAGTTGTTCTGTGAAGAATGAGCATTGTGTTGAAGTTGATGATGATGATGTTAAGGAAGTTCCTCGTGACAATGTCTTGTCGTTGGTCAAAACACCGAGAACTAAGTCAAAAAAGGATGTGAAGGATACATTGAAGTTGAAGGCAACCGATGTACCAACGGCATTAAAGATGTTGCACAAATACGCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994317
ATGGCTGAGATGAACGCCAAAATATTGGAGCTTCAACAAATGATGATGAACAAAGAAAGTGAGGAGAAGGGCAGTTGTTCTGTGAAGAATGAGCATTGTGTTGAAGTTGATGATGATGATGTTAAGGAAGTTCCTCGTGACAATGTCTTGTCGTTGGTCAAAACACCGAGAACTAAGTCAAAAAAGGATGTGAAGGATACATTGAAGTTGAAGGCAACCGATGTACCAACGGCATTAAAGATGTTGCACAAATACGCATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775346.1
MAEMNAKILELQQMMMNKESEEKGSCSVKNEHCVEVDDDDVKEVPRDNVLSLVKTPRTKSKKDVKDTLKLKATDVPTALKMLHKYACVALNGGRTIQFTLDPNVIGNNREVFVEFDEIHKMCELEPIAASSICVYIW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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