Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003982`

染色体: Chr07 坐标: 50803991-50806953 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003982`
名称	SmilChr07G003982
描述	uncharacterized SmilChr07G003982
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	50803991 - 50806953 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994346`
GeneID	`130994346`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994346`
原始查询	`LOC130994346`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=28.2; qcov=0.605; evalue=5.36e-57; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=32.5; qcov=0.718; evalue=2.28e-97; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF26130 (PB1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994346

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775377.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775377.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775377.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775377.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775377.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:50804410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B123,B134
`Chr7:50804502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B50
`Chr7:50804519`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr7:50804558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:50804570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:50804585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr7:50804600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr7:50804604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr7:50804609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B75
`Chr7:50804613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,C59
`Chr7:50804616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B12,C68
`Chr7:50804621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B23,B84,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775377.1

878 aa

439

878

PB1-like

DBD_Tnp_Mut

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF26130 PB1-like 9-94 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 347-409 aa PF10551 MULE 537-633 aa PF00872 Transposase_mut 560-658 aa PF04434 SWIM 785-818 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775377.1`	Pfam	`PF26130`	PB1-like	Domain	9	94	1.5e-15	58.0	PB1-like domain
`XP_057775377.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	347	409	4.8e-06	26.9	MuDR family transposase
`XP_057775377.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	537	633	1.1e-15	58.5	MULE transposase domain
`XP_057775377.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	560	658	4.4e-05	23.3	Transposase, Mutator family
`XP_057775377.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	785	818	1.1e-08	35.1	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919394.1
ATGGCGAAAAGAGCCTCTGAATTTGGTTTACATATTTGTCATGGGGGTAGGTTCATTAACTATGAAGCTAAACAACATTACATAGGTGGGGTTTTTGACACTAAGATTGGGTTAGATCCTGATAGGTTCGGGTACTTTGATCTTCTTGATTATGTGAAAGAATTAGGCTATGTGTCCTGGGCTGGGTTGTATTATAGAATACCTAGAACTCAAACACATAAGGTAATAGTTAATGATCAAAGTGTAATGGAAATGTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994346
ATGGCGAAAAGAGCCTCTGAATTTGGTTTACATATTTGTCATGGGGGTAGGTTCATTAACTATGAAGCTAAACAACATTACATAGGTGGGGTTTTTGACACTAAGATTGGGTTAGATCCTGATAGGTTCGGGTACTTTGATCTTCTTGATTATGTGAAAGAATTAGGCTATGTGTCCTGGGCTGGGTTGTATTATAGAATACCTAGAACTCAAACACATAAGGTAATAGTTAATGATCAAAGTGTAATGGAAATGTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775377.1
MAKRASEFGLHICHGGRFINYEAKQHYIGGVFDTKIGLDPDRFGYFDLLDYVKELGYVSWAGLYYRIPRTQTHKVIVNDQSVMEMLSLVDRHAVVTVCVDGGRLGTDMGEGGKGSEGKACDSKVSEARDKESELQSEGLVEEYISEADGESGSGSEGDDESVEDGGLHAFFAGERGSQDEGEENSEDEREELLKEPPAGDDGEGLVETVVETHLGLHDDGDWGDLDNATHSEIDDFINRTCFSDSSEGEDYEPSESELSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器