Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004014`

染色体: Chr07 坐标: 51219488-51220494 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004014`
名称	SmilChr07G004014
描述	uncharacterized SmilChr07G004014
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	51219488 - 51220494 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994358`
GeneID	`130994358`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994358`
原始查询	`LOC130994358`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=43.8; qcov=0.259; evalue=1.05e-16; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775387.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057775387.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057775387.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057775387.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775387.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:51219492`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B54,B89,C1,C10,C6
`Chr7:51219492`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B54,B89,C1,C10,C6
`Chr7:51219494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,C37
`Chr7:51219515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B21,B7,C4
`Chr7:51219556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B127,B130,B67,C16,C46,C57
`Chr7:51219559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,C37
`Chr7:51219573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B92,C43
`Chr7:51219590`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A19,B135,B139,B15,B18,B35,B40,B78,C15,C18,C61,C62
`Chr7:51219597`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B33,C73
`Chr7:51219597`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B33,C73
`Chr7:51219605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B91,C20,C43,C45,D2
`Chr7:51219696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919404.1
ATGGGAATGAGGAAATTCCAAACGATGTTCAACACTATACACATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACCAAAACTAAGGATAGGTATTACCTTTTGCCGGATGAGAAGGAACCTTATAGAACTTGCAAAAGTAAGAGATTTATTAACAAAATCATGTTTCTATCTGCAATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTGCTTTTTGATGGAAAATTGGGCATCTTTCCATTCACAAATGTAGAGGAAGCAAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994358
ATGGGAATGAGGAAATTCCAAACGATGTTCAACACTATACACATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACCAAAACTAAGGATAGGTATTACCTTTTGCCGGATGAGAAGGAACCTTATAGAACTTGCAAAAGTAAGAGATTTATTAACAAAATCATGTTTCTATCTGCAATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTGCTTTTTGATGGAAAATTGGGCATCTTTCCATTCACAAATGTAGAGGAAGCAAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775387.1
MGMRKFQTMFNTIHIDEKWFYLTKTKDRYYLLPDEKEPYRTCKSKRFINKIMFLSAIARPIIDEQGNVLFDGKLGIFPFTNVEEAKRNSKNRAKGTMEVKPIPNITKNIMRDCMIAKMLPVFKAKWPAFSSKHIFIQQDNAKPHIKPDDLEFLAVARSDGFNFQLVCQPANSPDTNVNDLGFFRAIQTLKDQKPAKDVVELLKNVHEAYLEYPPQKINHVFLTLQGCYHEILKAKGDNNYTIPHMNKERLERAGILPETL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器