当前解析结果
SmilChr07G004048| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004048 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004048 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G004048 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 51788598 - 51792089 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994368 |
|---|---|
| GeneID | 130994368 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994368 |
| 原始查询 | LOC130994368 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0433800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os11g0433800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=49.2; qcov=0.342; evalue=6.41e-15; confidence=low |
| Rice | Os11g0433800- identity=34.4; qcov=1.03; evalue=4.83e-27; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994368 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775396.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057775396.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775396.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775396.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775396.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:51788727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr7:51788788 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr7:51788920 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,C21,C22,C47 |
Chr7:51789026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr7:51792032 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr7:51792081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775396.1PF04827
Plant_tran 43-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775396.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 43 | 117 | 4.9e-24 | 85.8 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。